Cũng theo Dự thảo, mức phí sơ tuyển đối với các ngành năng khiếu hiện là 100.000 đồng/hồ sơ sẽ dự kiến được nâng lên 120.000 đồng/hồ sơ; còn sơ tuyển đối với các ngành khác được dự kiến nâng từ 40.000 đồng/hồ sơ lên 50.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn).
Về lệ phí dự thi, dự thảo đề xuất nâng phí dự thi văn hoá từ 30.000 đồng/hồ sơ lên 45.000 đồng/hồ sơ; dự thi năng khiếu là 300.000 đồng/hồ sơ thay cho mức 200.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn).
Dự thảo cũng quy định mức thu phí với thí sinh thuộc diện xét tuyển hoặc tuyển thẳng vào các trường đại học, cao đẳng, trung cấp chuyên nghiệp là 30.000 đồng/hồ sơ.
Đối với tuyển sinh đào tạo sau đại học, dự thảo quy định phí đăng ký dự thi là 60.000 đồng/thí sinh/hồ sơ; phí dự thi cao học là 120.000 đồng/thí sinh/môn dự thi; còn dự tuyển nghiên cứu sinh là 200.000 đồng/thí sinh.
Dự kiến mức thu phí trên sẽ được áp dụng cho các kỳ tuyển sinh từ năm 2013