Theo đó, mức lệ phí đăng ký và dự thi ĐH, CĐ chính thức tăng lên 105.000 đồng/hồ sơ. Thí sinh đăng ký dự thi vào các trường ĐH, CĐ phải nộp phí đăng ký dự thi là 60.000 đồng/hồ sơ. Đối với những trường ĐH, CĐ có tổ chức sơ tuyển trước khi thi chính thức thì mức lệ phí được quy định: 120.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn) đối với các ngành năng khiếu; 50.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn) đối với ngành khác. Khi dự thi, thí sinh dự thi các môn văn hóa sẽ tiếp tục đóng 45.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn). Thí sinh dự thi năng khiếu sẽ phải đóng 300.000 đồng/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn).
Cũng theo thông tư này thì trong quá trình thực hiện, khi chỉ số giá tiêu dùng biến động trên 20% so với thời điểm thông tư có hiệu lực thi hành, sau khi có ý kiến thống nhất với Bộ Tài chính, Bộ GD&ĐT quyết định điều chỉnh mức thu phí dự thi, dự tuyển tối đa 20%.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 25/4/2013 và áp dụng cho các kỳ tuyển sinh từ năm 2013