Theo Chỉ thị số 4313/CT-BNN-QLCL, cần chú trọng kiểm tra các cơ sở có nguy cơ cao: cơ sở và sản phẩm có dấu hiệu vi phạm các quy định về an toàn thực phẩm (ATTP); cơ sở xếp loại C; Chợ đầu mối, chợ bán buôn mặt hàng nông sản thực phẩm như thịt, giò chả, thủy hải sản, trái cây, rau, củ, quả; các tỉnh biên giới và khu vực lân cận với các tỉnh biên giới tăng cường kiểm soát, xử lý các mặt hàng thực phẩm nhập lậu, không rõ nguồn gốc, xuất xứ, không đảm bảo ATTP.
Bộ trưởng Cao Đức Phát cũng yêu cầu các Sở NN&PTNT, đơn vị trực thuộc Bộ báo cáo kết quả triển khai Chỉ thị về Bộ trước ngày 15/2/2014