Mức phụ thu này chưa bao gồm thuế VAT và được thu trên hóa đơn gửi hàng (giá cước vận chuyển hàng hóa được tính từ ga xếp hàng đến ga hàng đến không bao gồm phụ phí vận chuyển hàng hóa, các khoản phí khác, tiền dồn (nếu có).
Đối với các đoàn tàu hàng chuyên tuyến, chuyên luồng, mức "phụ thu tăng nhiên liệu" tính bằng 15% so với giá cước vận chuyển trọn gói đoàn tàu.
Việc làm này được lý giải là do giá nhiên liệu tăng cao, để cân bằng thu chi, giữ ổn định sản xuất kinh doanh. Từ đầu năm đến nay, đây là là lần thứ hai, ngành Đường sắt thực hiện việc thu phụ thu nhiên liệu vận tải hàng hóa