Theo phản ánh của một số cục thuế, tại các cửa khẩu phụ, lối mòn, lối mở biên giới, cơ quan Hải quan không đủ lực lượng và phương tiện kỹ thuật để kiểm tra như tại các cửa khẩu chính, cửa khẩu quốc tế. Do đó, dẫn đến việc lợi dụng chính sách, trong đó có cả việc gian lận thương mại để trốn thuế, hoàn thuế khống...
Theo Bộ Tài chính, tại Nghị định 32/2005/NĐ-CP của Chính phủ đã quy định cụ thể về cửa khẩu phụ; theo đó, cửa khẩu phụ được mở cho người, phương tiện, hàng hoá Việt Nam và nước láng giềng ở khu vực biên giới, vùng biên giới qua lại biên giới quốc gia, không có quy định về việc xuất, nhập khẩu hàng hóa qua biên giới tại cửa khẩu phụ, lối mở biên giới
