Trong đó, thuế xuất nhập khẩu, tiêu thụ đặc biệt và bảo vệ môi trường là 62.950 tỷ đồng; thuế GTGT là 115.380 tỷ đồng và thu khác khoảng 282 tỷ đồng. Theo dự toán thu ngân sách năm 2012, ngành Hải quan được Quốc hội, Chính phủ, Bộ Tài chính giao là 223.900 tỷ đồng trong đó số thu thuế xuất nhập khẩu và tiêu thụ đặc biệt là 80.500 tỷ đồng; thuế GTGT là 143.400 tỷ đồng. Như vậy, tính đến thời điểm này, số thu của toàn ngành Hải quan mới đạt 79,8% so với dự toán.
Tổng cục Hải quan đã đề nghị Chính phủ cho phép doanh nghiệp được bảo lãnh và nộp dần tiền thuế nợ, bảo đảm trong năm 2012 phải nộp hết số nợ thuế quá hạn mà cơ quan quản lý thuế đã yêu cầu nộp. Trong thời gian nộp dần tiền thuế, doanh nghiệp được giải tỏa cưỡng chế nhưng vẫn phải trả lãi chậm nộp
