Đánh giá của Tổng cục Hải quan, nguyên nhân chính dẫn đến tình trạng nợ thuế phát sinh tăng là do nền kinh tế những tháng đầu năm 2012 gặp khó khăn, nhiều doanh nghiệp kinh doanh không hiệu quả, thua lỗ, hoạt động cầm chừng hoặc rơi vào tình trạng phá sản.
Bên cạnh đó, một số doanh nghiệp chây ỳ, không nộp thuế đúng hạn hoặc tuy có khả năng thanh toán, nhưng vẫn dựa vào chính sách của Nhà nước để chiếm dụng vốn, không nộp thuế đúng hạn. Một số khoản nợ thuế truy thu, ấn định khó có khả năng thu hồi. Tình trạng nợ thuế nhập khẩu nguyên liệu sản xuất xuất khẩu, tạm nhập, tái xuất, quá hạn diễn ra phổ biến. Vai trò quản lý, đôn đốc, theo dõi nợ thuế của các đơn vị tuy đã được đề cao, nhưng chưa đáp ứng yêu cầu quản lý nợ thuế
