Tại các tỉnh phía Nam tập trung xây dựng quy định về kiểm tra giám sát việc sử dụng đàn cá tra chọn giống làm cá bố mẹ do Viện Nghiên cứu NTTS II cung cấp tại các cơ sở để phấn đấu đến năm 2015 thay thế được 75 – 80 % số lượng cá tra bố mẹ kém chất lượng bằng nguồn cá chọn giống chất lượng cao; triển khai nuôi cá tra theo mô hình VietGAP ở các tỉnh Bến Tre, Đồng Tháp, An Giang… Bên cạnh đó, Viện tiếp tục nghiên cứu công nghệ sản xuất giống và nuôi các đối tượng cá nước ngọt khác như: cá hô, cá chiên, thát lát, lươn đồng…
Đối với các tỉnh Nam Trung bộ và Tây Nguyên tập trung quy hoạch vùng nuôi cá nước ngọt tập trung (cá rô phi, cá tra, cá nước lạnh) theo hướng hàng hóa, vùng sản xuất giống và ương giống tập trung; xây dựng kế hoạch bảo tổn và phát triển nguồn lợi từ các loài cá bản địa.
Tổng cục Thủy sản hướng dẫn các cơ sở sản xuất đăng ký xây dựng mô hình thí điểm VietGAP trong nuôi cá tra và cá rô phi phục vụ xuất khẩu. Những tỉnh khu vực này cần khẩn trương xây dựng và đề xuất cơ chế, chính sách hỗ trợ phát triển nuôi trồng thủy sản nước ngọt, nhất là ở vùng sâu, vùng xa, đồng thời có cơ chế vốn hỗ trợ doanh nghiệp đầu tư vào vùng miền núi, trung du…
Theo đánh giá của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các tỉnh trên còn chưa phát huy được hết lợi thế, nhất là sử dụng nguồn nước từ các hồ chứa thủy lợi, thủy điện phục vụ cho phát triển NTTS nước ngọt; các địa phương còn chưa xác định được đối tượng nuôi chủ lực và chưa có quy hoạch phát triển theo hướng hàng hóa xuất khẩu…
Theo số liệu 9 tháng năm 2011, diện tích NTTS ở Nam Trung bộ và Tây Nguyên đạt hơn 36.000 ha, bằng 75% diện tích NTTS toàn vùng. Sản lượng tương ứng là hơn 18.459 tấn, chiếm 35% sản lượng của toàn vùng. Ở khu vực Nam bộ, NTTS đã có tăng trưởng cả về diện tích và sản lượng. Tổng diện tích nuôi nước ngọt khu vực này khoảng hơn 98.600 ha, với sản lượng tương ứng là 882.500 tấn, chiếm 74% sản lượng NTTS toàn vùng…
