Việc thành lập khu rừng quốc gia này nhằm bảo tồn và phát triển bền vững các giá trị đa dạng sinh học, giá trị thẩm mỹ của cảnh quan thiên nhiên nhằm tôn tạo các giá trị đặc biệt về văn hóa - lịch sử của nhà Trần - một trong những triều đại vẻ vang nhất của dân tộc và cũng là nơi phát tích Thiền phái Trúc Lâm Việt Nam.
Rừng quốc gia Yên Tử được quy hoạch thành 3 phân khu chức năng: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt diện tích 768,4ha; phân khu phục hồi sinh thái cảnh quan diện tích 1.855,3ha và phân khu hành chính - dịch vụ tiện ích 159,3ha