Ngày hôm sau, đơn xin ân xá của Ngô Đình Cẩn đã được chuyển đến tướng Dương Văn Minh là Quốc trưởng. Rồi Tổng giám mục Nguyễn Văn Bình cũng gửi một lá thư tới Dương Văn Minh xin ân xá cho tử tội Ngô Đình Cẩn với lý do là Cẩn đang bị bệnh rất nặng, ngày sống chỉ đếm được trên đầu ngón tay cho nên không cần thiết phải hành quyết Cẩn. Nhưng tất cả đều bị Dương Văn Minh bác thẳng thừng.
Tòa án báo cho thân nhân của gia đình Ngô Đình Cẩn là bà Ngô Đình Thị Hiệp, bà Ngô Đình Thị Hoàng (thường gọi là bà cả Lễ...) là đơn xin ân xá của Ngô Đình Cẩn đã bị Quốc trưởng bác bỏ. Ngô Đình Cẩn sẽ bị hành quyết vào lúc 17h ngày 9/5/1964 tại Khám Chí Hòa.
Trước làn sóng phản đối việc kết án tử hình Ngô Đình Cẩn ngày càng lan rộng trong giáo dân, chính quyền Dương Văn Minh - Nguyễn Khánh quyết thi hành án sớm.
Tại Sài Gòn, ngày giờ xử bắn Ngô Đình Cẩn được giữ rất kín. Có hai người được biết trước là luật sư Võ Văn Quan và linh mục Jean Baptiste Lê Văn Thí.
Ngày 8/5, linh mục Thí được vào gặp Ngô Đình Cẩn để làm lễ rước mình Thánh Chúa an ủi người sắp chết. Khi ông Thí vừa vào, chào hỏi xong thì Ngô Đình Cẩn đã hỏi ngay: "Ngày mai, họ đem con đi bắn phải không cha?". Linh mục Thí im lặng và khẽ gật đầu rồi hỏi lại: "Cậu có sợ không?". Ngô Đình Cẩn gượng cười, trả lời khá bình thản: "Con không sợ chút mô hết cha à!".
Linh mục Thí hỏi tiếp: "Cậu có tha thứ cho những người đã làm khổ cậu và gia đình cậu không?". Ngô Đình Cẩn nói lớn, và rành rẽ: "Con tha thứ". Rồi Cẩn nói tiếp: "Con cũng mang tên Thánh là Jean Baptiste và cha cũng mang tên Thánh Jean Baptiste. Xin cha nhớ cầu nguyện cho con sớm lên Thiên đàng chầu Chúa và xin mọi người có đạo chứng kiến con chịu chết, xin đọc cho con một kinh lạy cha "Xin cho chúng tôi hàng ngày đủ dùng và tha tội cho chúng tôi như chúng tôi cũng tha kẻ có nợ chúng tôi".
(Ngô Đình Cẩn là con út trong nhà nên hay được gọi là cậu Cẩn. Sau này khi Ngô Đình Diệm giành được quyền lực thì Ngô Đình Cẩn cũng được coi là nhân vật cực kỳ thế lực ở khu vực miền Trung, cho nên ai đến với Cẩn cũng không dám gọi tên mà chỉ gọi là ông Cậu).
Hôm sau, 10h trưa ngày 9/5, luật sư Võ Văn Quan vào thăm Ngô Đình Cẩn lần cuối cùng. Sau này, ông Quan kể lại cho nhà báo Phan Kim Thịnh: "Sáng sớm ngày 9/5, cháu Ngô Đình Cẩn là Trần Trung Dung vào thăm. Ông Cẩn nói chuyện một cách thản nhiên, không hề biểu lộ thái độ lo lắng, sợ sệt. Người cháu gái thì ngồi cạnh giường, khóc và nguyền rủa những kẻ phản phúc nhà họ Ngô. Nhưng ông Cẩn điềm tĩnh nói: "Không có gì đáng buồn mà phải khóc lóc. Làm chính trị là phải như thế. Cậu không có gì oán thán hết".
Khi gặp luật sư Quan, ông Cẩn cũng vẫn tỏ thái độ bình thản. Ông Quan cũng không hề biết là chính Ngô Đình Cẩn cũng đã biết rõ ngày giờ thi hành án. Lúc đầu, hai bên chỉ nói chuyện có tính chất xã giao nhưng rồi đột nhiên ông Cẩn tâm sự về thân thế của ông và tiết lộ một số câu chuyện bí mật. Lời nói của ông như là một sự trăng trối khiến luật sư Quan giật mình và thầm nghĩ: "Có lẽ ông Cẩn biết rồi".
Rồi Ngô Đình Cẩn chuyển sang giãi bày những thủ đoạn chính trị của mình với giọng hùng hồn, hoạt bát, mạch lạc. Ngô Đình Cẩn cũng nhắc lại những cuộc tàn sát đẫm máu đối với những người Cộng sản khi Ngô Đình Diệm lên nắm chính quyền, và khẳng định làm chính trị thì phải chấp nhận thế thôi. Khi nói đến việc đàn áp những người Cộng sản, Ngô Đình Cẩn ngẩng cao đầu, mắt sáng long lanh, mặt đỏ bừng và nói như đếm từng tiếng.
Nhìn đồng hồ đã thấy gần 12h trưa, Ngô Đình Cẩn bảo: "Luật sư đưa cho tôi cái danh thiếp của ông". Ông Quan ngạc nhiên không hiểu lúc này Ngô Đình Cẩn còn muốn có danh thiếp của mình để làm gì. Nhưng chiều ý, ông vẫn lấy danh thiếp đưa cho Ngô Đình Cẩn.
Ông Cẩn lấy bút viết vào phía sau danh thiếp: "Xin hết lòng đa tạ" và viết tên Ngô Đình Cẩn. Đưa lại danh thiếp cho luật sư, Ngô Đình Cẩn dịu giọng nói: "Tôi xin gửi lại chút này để cám ơn luật sư đã hết lòng biện hộ cho tôi". Luật sư Quan bối rối: "Thật sự tôi có giúp được gì cho ông đâu, họ vẫn xử tối đa". Ông Cẩn khẽ lắc đầu, gượng cười: "Vấn đề không phải ở đó. Viết mấy chữ này, tôi muốn tỏ lòng tri ân đối với người luật sư không từng quen biết, nhưng đã tận tình và can đảm nói lên giữa phiên tòa những gì tôi muốn nói".
Rồi Ngô Đình Cẩn lại bình tĩnh trò chuyện, lấy giấy cuốn thuốc lá theo kiểu sâu kèn, phì phèo hút, rồi lại têm trầu nhàn nhã nhai bỏm bẻm. Ông Quan đứng dậy cáo từ cố giữ nét mặt bình thường. Ngô Đình Cẩn bắt tay luật sư Quan rất chặt và rất lâu, đồng thời luồn bàn tay trái xuống gầm bàn, nhìn xuống đó ra hiệu. Ông Quan thấy bàn tay trái của Ngô Đình Cẩn xòe ra 5 ngón như thể báo hiệu rằng chiều nay vào lúc 5h ông sẽ bị hành quyết.
Sau này, mỗi khi nhớ lại vụ hành quyết Ngô Đình Cẩn, luật sư Quan vẫn tỏ thái độ kính trọng, khâm phục một con người biết cái chết đang đến với mình từng giờ, từng phút mà vẫn ngồi nói chuyện bình tĩnh hàng tiếng đồng hồ.
Cũng phải nói thêm rằng, sau ngày Ngô Đình Cẩn bị hành quyết đã có nhiều tin đồn rằng Ngô Đình Cẩn khi chết đi để lại rất nhiều của cải cho nhiều người thừa hưởng. Ngay chuyện Ngô Đình Cẩn bảo đại úy Nguyễn Văn Minh giao số vàng, đôla, kim loại quý cho tướng Đỗ Cao Trí giữ là "2 bao"... nhưng thực chất đó cũng chỉ là những lời đồn thổi vì chính đại úy Minh cũng không biết có bao nhiêu vàng và tướng Trí khi nhận túi vàng, valy tiền cũng không kiểm đếm.
Tuy nhiên, theo điều tra của các nhà báo về sau thì số bất động sản do Ngô Đình Cẩn giao cho người khác đứng tên không phải là ít. Năm 1989, tướng ngụy quyền Trần Văn Đôn có viết cuốn hồi ký "Việt Nam nhân chứng", và khi nói về cái chết của Ngô Đình Cẩn, ông ta viết như sau: "Vài tháng sau ngày chỉnh lý, tướng Nguyễn Khánh có phái đại tá Lâm Văn Phát thông qua bà Trần Trung Dung và nhờ chuyển lời nói với ông Cẩn rằng, hãy chuyển số tiền 6 triệu USD mà ông Cẩn có trong một ngân hàng Thụy Sĩ cho tướng Nguyễn Khánh. Đổi lại tướng Khánh sẽ cho một chiếc phi cơ đưa ông Cẩn đi Singapore. Bà Trần Trung Dung yêu cầu đừng ghi âm khi bà ấy vào khám hỏi ông Cẩn. Sau khi nghe bà Dung trình bày, Ngô Đình Cẩn không chịu giao số tiền đó cho ông Khánh, rồi hỏi bà Dung có cần lấy thì ông giao cho. Lúc đó bà Dung sợ liên lụy nên không dám nhận. Mấy ngày sau, nhân dịp một vị linh mục vào làm lễ cho ông Cẩn, ông đã ký giấy ủy quyền cho nhà dòng Cứu Thế số tiền đó. Giấy ủy quyền được để trong một cuốn kinh Thánh...".
Như vậy, xem ra sự kiện Ngô Đình Cẩn có mấy triệu đôla là có thể tin được. Nhưng thực sự chuyện Ngô Đình Cẩn chuyển 6 triệu đôla cho nhà thờ cũng có thể rất khó xảy ra, bởi lẽ với một số tiền lớn như vậy không thể cầm tờ giấy ủy quyền có mấy chữ rồi ký tên cho người khác đi lĩnh, đặc biệt đối với các ngân hàng nước ngoài. Ngay linh mục Lê Văn Thí cũng khẳng định là chẳng làm gì có số tiền đó.
Sáng 9/5, các nhà báo sau khi dự buổi hành quyết Phan Quang Đông tại Huế thì vội vàng ra máy bay về Sài Gòn.
Buổi tử hình Phan Quang Đông diễn ra rất ghê rợn. Vợ Phan Quang Đông đang bụng mang dạ chửa sắp đến tháng đẻ, đã ngất lịm ngay tại pháp trường khi chứng kiến cảnh chồng bị trói vào cọc...
Sau khi làm các thủ tục về giấy tờ, Các nhà báo có mặt ở Bộ Thông tin từ lúc 14h. Và được đưa tất cả lên chiếc xe 18 chỗ đi vào Khám Chí Hòa. Tới cổng khám, ở trạm gác thứ nhất, nhân viên yêu cầu khám xét hành lý và thu giữ lại tất cả máy ảnh. Chụp ảnh buổi hành quyết chỉ có 3 người của Bộ Thông tin và nhân viên của an ninh quân đội. Sau đó các nhà báo được dẫn ra một sân rộng đầy cỏ cây hoang dại và có chôn sẵn một chiếc cột gỗ và trường bắn nằm gần một ngôi chùa nhỏ.
5h chiều, các thủ tục cho buổi hành quyết Ngô Đình Cẩn được bắt đầu tại phòng làm việc của trung tá Phạm Văn Luyện, Quản đốc Khám Chí Hòa. Những người có mặt tại đây là đại tá Trang Văn Chính, Giám đốc cảnh sát đô thành Sài Gòn - Chợ Lớn; thiếu tá Nguyễn Văn Đức, Chưởng lý Tòa án quân sự; bà cả Lễ là chị ruột Ngô Đình Cẩn; luật sư Võ Văn Quan và một số người khác nữa. Đoàn người đến thẳng phòng giam của Ngô Đình Cẩn và lặng lẽ bước vào.
Nghe tiếng giày, Ngô Đình Cẩn đang nằm trên giường hé mắt nhìn rồi khép lại, miệng lầm rầm cầu nguyện cùng với một vị linh mục đứng cạnh giường đọc kinh. Bóng đèn điện từ trên trần nhà tỏa sáng một màu ánh sáng vàng vọt, thê lương. Thiếu tá Đức đến bên giường, đọc bản bác đơn xin ân xá của Ngô Đình Cẩn. Khi Nguyễn Văn Đức đọc xong, luật sư Quan đến bên ông Cẩn nắm lấy hai bàn tay. Tay Ngô Đình Cẩn nóng hổi, mặt ửng hồng và rõ ràng đang sốt rất cao.
Luật sư Quan cố gượng nói: "Thôi ông cố vấn đừng quá đau buồn. Trên cõi đời này dù sớm hay muộn rồi ai cũng phải ra đi”. Ngô Đình Cẩn điềm tĩnh: "Luật sư đừng có buồn cho tôi. Tôi đi theo mấy ông anh của tôi. Tôi trở về với Chúa. Tôi không sợ chết đâu. Nhưng tôi lo cho luật sư, lúc cãi cho tôi, luật sư có đụng chạm tới họ. Không biết luật sư ở lại có bị họ làm khó dễ hay không". Luật sư Quan ứa nước mắt: "Không sao đâu, ông cố vấn đừng lo cho tôi. Xin cầu chúc ông cố vấn được vào nước Chúa".
Thủ tục tiếp theo là vị linh mục làm lễ và cầu nguyện cùng ông Cẩn. Khi được nói lời cuối cùng là tử tội có xin ân huệ gì không thì Ngô Đình Cẩn xin rằng được quyền mặc quần trắng, áo dài đen vì ông muốn được chết trong bộ "quốc phục" Việt Nam (ngày ấy chính quyền Ngô Đình Diệm quy định "quốc phục" của Việt Nam Cộng hòa là quần trắng, áo dài đen, đội khăn xếp). Hơn nữa ông Cẩn cũng muốn mặc bộ này đó là vì chiếc áo được thân mẫu may cho khi còn ở Huế. Rồi ông cũng nói với mọi người là ông tha thứ cho những người đã giết ông.
Yêu cầu của Ngô Đình Cẩn được đáp ứng, những viên cai ngục giúp ông thay quần áo. Rồi thiếu tá Nguyễn Văn Đức ra lệnh cho 2 nhân viên xốc nách dìu ông Cẩn ra khỏi phòng giam và xuống cầu thang. Vì Ngô Đình Cẩn không thể đi được, nên người ta phải đặt ông lên một chiếc băng ca và đẩy đi suốt hành lang này qua hành lang khác. Ra khỏi khu "lò bát quái", Ngô Đình Cẩn được chuyển sang một băng ca khác do 4 người cai ngục khiêng, chiếc băng ca được khiêng ra giữa sân có cắm một chiếc cọc thì cả đoàn người dừng lại...
Thiếu tá Đức ra lệnh cho đám cai tù xốc nách đỡ Ngô Đình Cẩn dậy, dìu ra cột. Khi Cẩn được dìu tới cột gỗ thì một người lính trong đội hành quyết nói nhỏ với Cẩn là xin phép được trói hai tay ra đằng sau, hai tay được đặt lên một thanh ngang giống như cây thánh giá mục đích là để người bị tử hình không tụt được xuống. Một người lính cai ngục lấy chiếc khăn đen bịt mắt tử tội thì Ngô Đình Cẩn lắc đầu liên tục và nói: "Tôi không chịu bịt mắt. Tôi không sợ chết". Nhưng người ta vẫn buộc khăn vào một cách vụng về, vì vậy không chỉ bịt mắt mà bịt gần hết khuôn mặt ông Cẩn.
Đội hành quyết có 10 người và đội mũ lính quân cảnh có in 2 chữ MP, chia làm 2 hàng. Hàng trước 5 người quỳ, hàng sau 5 người đứng. Trong 10 người thì có 1 người được sử dụng khẩu súng mà trong đó lắp 1 viên đạn mã tử (không có đầu đạn mà chỉ bịt giấy). Đúng 18h20, phút hành quyết đã tới, Nguyễn Văn Đức giơ tay ra lệnh thi hành. Viên sĩ quan chỉ huy đội hành quyết hô lớn: “Bắn!". Một loạt súng nổ, Ngô Đình Cẩn giũ người xuống ngay lập tức. Máu từ trên ngực chảy loang xuống chiếc quần trắng. Ngay sau đó viên chỉ huy đội hành quyết chạy đến gí khẩu súng colt 12 ly vào tai Ngô Đình Cẩn và bắn phát ân huệ. Bác sĩ pháp y chạy ra dùng ống nghe gí vào ngực Ngô Đình Cẩn nghe ngóng, vạch mắt ra xem, rồi quay lại gật gật đầu ra ý là Ngô Đình Cẩn đã chết.
Trung tá Luyện, Quản đốc Khám Chí Hòa ra lệnh cho mấy viên cai ngục cởi trói hạ xác Ngô Đình Cẩn đặt vào băng ca rồi khiêng vào Khám Chí Hòa để khâm liệm và cho thân nhân nhận xác mang về chôn cất. Xác Ngô Đình Cẩn được đưa về an táng tại nghĩa trang chùa Phổ Quang, tức nghĩa trang Bắc Việt Tương Tế gần sân bay Tân Sân Nhất.
Sở sĩ gia đình an táng Ngô Đình Cẩn tại đây là vì Thượng tọa Thích Chí Dũng là người thân quen với gia đình họ Ngô. Sau năm 1975, khi quy hoạch lại TP HCM nghĩa trang Bắc Việt Tương Tế ở chùa Phổ Quang được di dời về Lái Thiêu. Mộ Ngô Đình Cẩn cũng được đưa về đó nằm cạnh mộ của thân mẫu và 2 người anh là Ngô Đình Diệm và Ngô Đình Nhu
Kỳ sau: chuyện kể của những cựu nữ tù
