Do đặc trưng truyền thống của các chợ Việt Nam xưa là mua bán trao đổi kiểu “cây nhà lá vườn”, nên những khái niệm như “nguồn gốc xuất xứ”, “chứng nhận vệ sinh an toàn thực phẩm” là rất... xa xỉ. Dù từ nhiều năm trở lại đây, quy mô cũng như hàng hóa bán tại chợ đã vượt xa tầm tự cung tự cấp, thì những thói quen mới vẫn chưa hình thành. Kết quả kiểm tra của Sở Công Thương Hà Nội đánh giá an toàn vệ sinh thực phẩm tại nhiều chợ còn nhiều đáng ngại, đặc biệt ở các chợ cấp 2, cấp 3. Tại các chợ này hầu như không có cán bộ thú y kiểm tra, việc giết mổ gia cầm tại chợ vẫn diễn ra bừa bãi dù đã có quy định cấm từ lâu. Có thể kể đến chợ lớn như Hà Đông, riêng các chợ nhỏ hầu như chợ nào cũng vi phạm. Thêm vào đó, phần lớn các chợ chưa thực hiện phân loại rác thải độc hại, rác thải hữu cơ theo đúng quy định, đặc biệt ở các gian hàng thực phẩm tươi sống. Sở Công Thương Hà Nội kết luận “thực hiện vệ sinh môi trường, vệ sinh an toàn thực phẩm tại các chợ còn hạn chế, còn tình trạng hộ kinh doanh xả rác bừa bãi (chợ Hà Đông, chợ Vồi)”.
Chưa kể đến các khu chợ cũng là nơi tiêu thụ rất nhiều hàng giả, hàng nhái, hàng không rõ nguồn gốc. Mặc dù một số chợ đã tổ chức ký cam kết với các tiểu thương “nói không” với các mặt hàng này, nhưng hầu như chỉ là ký cho có. Việc kiểm soát của Ban quản lý chợ còn nhiều hạn chế và hầu như không có chế tài để xử lý những việc này. Việc công khai niêm yết giá bán tại hầu hết các chợ cũng chưa được thực hiện.
Một vấn đề tồn tại đáng báo động khác ở các chợ là vấn đề an toàn phòng chống cháy nổ, khi từ nhiều năm qua, chợ luôn được lực lượng Cảnh sát PCCC liệt vào những địa điểm hàng đầu về nguy cơ cháy nổ. Qua kiểm tra 326 chợ ở các quận, huyện, thị xã, chỉ có 116 chợ có phương án, hồ sơ PCCC (chiếm 35,6%), trong số này, chỉ có 52 chợ được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Đa số các chợ hoạt động lâu năm (từ 10 năm trở lên), hệ thống điện đã xuống cấp cùng với việc quản lý còn lỏng lẻo, các hộ kinh doanh tự ý cải tạo, lắp đặt, sửa chữa mới tại ki ốt, các thiết bị được lắp đặt không đúng tiêu chuẩn (đường điện không được đi trong ống gen, công suất sử dụng vượt quá công suất thiết kế ban đầu…), hệ thống điện không thống nhất, đồng bộ dẫn đến nguy cơ cháy do chập điện là rất cao.
Càng các chợ hoạt động hiệu quả, nhộn nhịp lại càng có nguy cơ cao do phổ biến hiện tượng các hộ kinh doanh bày bán hàng hóa lấn chiếm lối đi chung, lắp đặt mái che, mái vẩy để chống nắng dẫn đến tiếp cận, ứng phó, thoát nạn… gặp khó khăn khi sự cố xảy ra. Mặt khác, các chợ hạng 2 khu vực nông thôn chưa được trang bị đầy đủ thiết bị PCCC, hoạt động diễn tập PCCC chưa được hộ kinh doanh quan tâm tích cực tham gia, nguyên nhân do nhận thức hạn chế và tâm lý chủ quan.
Sở Công Thương Hà Nội cũng cho biết: Qua kiểm tra thực tế, việc thực hiện các quy định về PCCC ở cả các chợ lớn cũng còn nhiều hạn chế như: Chưa lập sổ theo dõi công tác tuyên truyền, huấn luyện và thực tập phương án PCCC, chưa lập mới phương án chữa cháy của cơ sở, chưa mua bảo hiểm cháy nổ bắt buộc, chưa có giải pháp ngăn chia khoang cháy đảm bảo diện tích giới hạn tối đa. Tại số một số khu vực trong chợ được cải tạo để cho thuê dịch vụ chưa được thẩm duyệt và nghiệm thu của cơ quan Cảnh sát PCCC. Cá biệt có chợ trong 2 năm vừa qua đã để xảy ra 2 vụ cháy gây thiệt hại nghiêm trọng về tài sản là chợ Vồi (Thường Tín).
Dù việc quản lý chợ còn rất nhiều bất cập, nhưng dường như cơ quan chức năng các địa phương cũng chưa ý thức được tầm quan trọng của việc này khi “50% báo cáo của các quận, huyện còn rất sơ sài, chung chung, chưa nêu rõ quá trình triển khai, kết quả đánh giá, chưa có số liệu cụ thể về việc phát triển và quản lý chợ như các quận Ba Đình, Bắc Từ Liêm, Cầu Giấy, Đống Đa, Hai Bà Trưng, Tây Hồ, Thanh Xuân…”. Sở Công Thương Hà Nội đã đề nghị phải có báo cáo hằng tháng về việc quản lý, giải tỏa triệt để các chợ cóc, hàng rong lấn chiếm vỉa hè lòng đường, chợ mới phát sinh… để tiện theo dõi. Lượng kinh phí hàng trăm tỷ đồng cũng được đề xuất để cải tạo các chợ hạng 2, hạng 3 nhằm nâng cao độ an toàn
