Vào thời điểm đó, sau khi đoàn tàu khách SE1 chạy hành trình Hà Nội - Sài Gòn vừa thông qua ga Hòa Đa, thì xe ôtô đầu kéo BKS 79D-9331 không có rơ mooc do Nguyễn Ngọc Bích (36 tuổi), trú ở xã An Mỹ, huyện Tuy An điều khiển trên đường liên xã cố tình vượt qua đường sắt ở lý trình nêu trên và đã tông vào toa xe hành lý nối liền đầu máy xe lửa số hiệu 964. Sau cú va chạm, xe ôtô bị lật nghiêng bên đường sắt.
Rất may là vụ tai nạn không gây thương vong về người, nhưng đoàn tàu SE1 chậm 26 phút so với lịch trình, một số đoàn khác cũng chậm trễ