Kết luận cũng cho thấy, từ khâu tuyển dụng, quản lý viên chức, người lao động đến khâu quản lý sử dụng tài sản công của đơn vị này còn nhiều tồn tại, hạn chế…
“Lơ là” khâu tuyển dụng lao động và bổ nhiệm chức danh lãnh đạo
Thanh tra trực tiếp, đoàn công tác của Bộ GTVT đã phát hiện, Viện KH&CN phê duyệt Đề án cơ cấu tổ chức của một số đơn vị bất hợp lý, thực tế số người làm việc tại đơn vị rất ít, không tương xứng với cơ cấu tổ chức của đơn vị.
Đến thời điểm thanh tra, Viện KH&CN và một số đơn vị tực thuộc được thanh tra chưa triển khai sắp xếp lại cơ cấu tổ chức của các đơn vị theo Đề án đã được Viện KH&CN phê duyệt; một số đơn vị được thanh tra chưa triển khai thực hiện công tác quy hoạch chức danh lãnh đạo quản lý các bộ phận trực thuộc.
Liên quan đến việc tuyển dụng viên chức và ký hợp đồng làm việc, thanh tra Bộ GTVT cũng đã phát hiện một số tồn tại: Số lượng lao động tại Viện KH&CN tương đối lớn (chiếm 54,3% tổng số người làm việc tại Viện), trong đó có nhiều lao động hợp đồng đã nhiều năm làm việc tại Viện. Số lao động hợp đồng này không được xác định là viên chức và không nằm trong tổng số người làm việc do đơn vị phê duyệt hàng năm. Vì vậy, việc Viện KH&CN không tổ chức tuyển dụng vào ngạch viên chức mà chỉ tuyển hoặc ký lại hợp động lao động (HĐLĐ) với nhiều lao động hợp đồng là chưa phù hợp. Đây là một trong những yếu tố ảnh hưởng đến việc quản lý nguồn nhân lực, trong đó có nguồn nhân lực chất lượng cao.
Hơn nữa, trong giai đoạn 2020-2021, Viện KH&CN và các đơn vị tuyển dụng 35 lao động hợp đồng; chấp thuận cho một số đơn vị ký lại HĐLĐ đối với các trường hợp hết hạn HĐLĐ. Thế nhưng, sau khi xem xét thực tế, đoàn thanh tra nhận thấy Viện KH&CN chấp thuận, giao đơn vị ký hợp HĐLĐ đối với 29 trường hợp do đơn vị đề xuất là chưa phù hợp quy định, một số đơn vị ký lại trên 2 lần HĐLĐ có thời hạn là chưa phù hợp quy định pháp luật về HĐLĐ. Thậm chí, có tình trạng đơn vị trực thuộc Viện KH&CN trực tiếp tuyển dụng lao động hợp đồng làm công tác chuyên môn nhưng không báo cáo Viện KH&CN…
Đặc biệt, một số trường hợp giữ chức vụ lãnh đạo quản lý cấp phòng tại đơn vị đã hết thời hạn bổ nhiệm (5 năm) nhưng chưa có quyết định bổ nhiệm lại hoặc văn bản thông báo không bổ nhiệm lại của Viện KH&CN hoặc đơn vị trực thuộc Viện. Viện KH&CN ban hành các quyết định giao phụ trách kế toán là chưa đúng thể thức theo quy định; một số trường hợp phụ trách kế toán đơn vị kéo dài từ năm 2011 đến nay (trong khi theo quy định thời hạn bổ nhiệm phụ trách kế toán là 5 năm, sau thời hạn đó phải thực hiện bổ nhiệm lại); việc chi trả phụ cấp trách nhiệm đối với người được giao phụ trách kế toán thiếu thống nhất, các đơn vị chi trả khác nhau…
Nhiều khoản thu chưa đúng quy định
Về vấn đề quản lý tài sản công, Thanh tra Bộ GTVT cũng chỉ ra rằng, Viện KH&CN chưa có các biện pháp quản lý chặt chẽ tài sản. Kiểm tra xác suất một số đơn vị, một số trang thiết bị cho thấy, có đơn vị đang quản lý một số máy móc, thiết bị nhưng không được theo dõi trên số tài sản của đơn vị; hồ sơ liên quan đến thiết bị còn thiếu; có nhiều tài sản thuộc diện cần thanh lý nhưng Viện KH&CN chưa có phương án hoặc chưa thực hiện kịp thời thanh lý tài sản theo quy định. Đáng chú ý hơn, trong hai năm 2015, 2016 Viện được đầu tư 2 gói thầu mua sắm thiết bị cho trung tâm thí nghiệm. Thế nhưng, từ khi được đầu tư đến khi thanh tra, có thiết bị của phân viện KH&CN GTVT miền Nam chưa được sử dụng;
Về công tác quản lý thực hiện thu, chi tài chính, thực hiện nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước, Thanh tra Bộ cho hay, hàng năm Viện KH&CN có các quyết định thành lập Hội đồng Tiểu ban để giúp Viện trưởng KH&CN xem xét, góp ý và lựa chọn các đề xuất nhiệm vụ KH&CN theo từng lĩnh vực. Tuy nhiên, một số hội đồng tiểu ban chưa tổ chức họp để thảo luận, thống nhất lựa chọn nhiệm vụ KH&CN hoặc có tổ chức họp nhưng không có danh sách hoặc ký xác nhận của các thành viên dự họp; phụ lục xét duyệt, lựa chọn nhiệm vụ không có ký xác nhận từng trang để đảm bảo tính pháp lý.
Các đề tài, nhiệm vụ nghiên cứu khoa học công nghệ chủ yếu tập trung vào lĩnh vực giao thông đường bộ; có một số nhiệm vụ liên quan đến giao thông đường sắt, cảng biển; không có đề tài nghiên cứu liên quan đến chuyên ngành hàng không, đường thuỷ nội địa; đề tài về nghiên cứu ứng dụng, vật liệu mới chưa có nhiều. Tiến độ triển khai nghiên cứu một số đề tài, tiêu chuẩn chưa đảm bảo đề cương được Bộ GTVT phê duyệt, phải gia hạn thời gian thực hiện. Nhân sự tham gia nghiên cứu một số đề tài, tiêu chuẩn có thay đổi song không báo cáo Bộ GTVT; chưa có sản phẩm hình thành từ đề tài nghiên cứu chế tạo thiết bị được đưa vào thực hiện dịch vụ.
Đáng chú ý, kết luận của đoàn thanh tra Bộ GTVT cũng nhấn mạnh: Viện KH&CN có sai sót trong việc xác định giá trị hao mòn thành giá trị khấu hao dẫn đến Viện thu tiền khấu hao tài sản cố định không đúng giá trị 568 triệu đồng của Phòng thí nghiệm Trọng điểm đường bộ III. Thu kinh phí bảo trì cơ sở hạ tầng với tổng giá trị hơn 3,3 tỷ đồng là không đúng quy định…
Nguyên nhân của các tồn tại, sai sót nói trên là do lãnh đạo Viện KH&CN chưa thực hiện hết trách nhiệm trong công tác quản lý, điều hành, có khâu còn thiếu chặt chẽ, thiếu kiểm tra, giám sát. Lãnh đạo đơn vị trực thuộc và bộ phận chuyên môn chưa kịp thời cập nhật, nghiên cứu quy định pháp luật. Nguồn lực phục vụ công tác khoa học công nghệ còn thiếu, chưa được củng cố đúng mức, đặc biệt là các chuyên gia đầu ngành, có chuyên môn sâu, nhiều kinh nghiệm để chủ trì các đề án nghiên cứu lớn, có tính trọng điểm của ngành; một số đơn vị chưa thực sự tập trung vào công tác nghiên cứu khoa học. Trách nhiệm này thuộc lãnh đạo Viện, Kế toán trưởng, lãnh đạo Phòng Kế hoạch và quản lý dự án, thủ trưởng các đơn vị trực thuộc và các tổ chức, cá nhân có liên quan.
Kết luận thanh tra cũng kiến nghị thu hồi nộp ngân sách Nhà nước qua tài khoản tạm giữ của Thanh tra Bộ GTVT, số tiền là 322.482.127 đồng. Đồng thời đề xuất tập thể lãnh đạo Viện KH&CN tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền hoặc trình cấp có thẩm quyền xử lý trách nhiệm đối với tổ chức, cá nhân có liên quan đến những tồn tại, hạn chế nêu trên; tổ chức rút kinh nghiệm sâu sắc trong toàn Viện KH&CN nhằm tránh để xảy ra những tồn tại, hạn chế, sai sót trong thời gian tới. Kết quả thực hiện báo về thanh tra Bộ GTVT trước ngày 15/11/2022.
Thêm quy định để tránh thất thoát tài sản công 
Phát hiện nhiều sai phạm trong việc sử dụng tài chính, tài sản công 
