Cụ thể, năm 2009, Trung tâm CVCX Huế có tờ trình xin được xây dựng, lắp đặt 4 nhà rường cổ tại dự án khu nhà vườn, nhà rường ở phường Thủy Xuân (được UBND TP Huế phê duyệt) bằng vốn huy động 900 triệu đồng của 249 cán bộ, công nhân lao động của trung tâm và được Chủ tịch UBND TP Huế đồng ý.
Sau 4 năm triển khai, hiện khu vực nhà rường này vẫn chưa đưa vào sử dụng khai thác để kinh doanh. Trung tâm còn huy động số vốn 800 triệu đồng của 220 cán bộ, công nhân lao động để mua đất tại vườn ươm thuộc phường Thủy Xuân (TP Huế). Tuy nhiên, cả 2 lần huy động vốn này, thủ tục ký kết hợp đồng giữa ông Phan Đình Ngôn, Giám đốc Trung tâm CVCX và ông Nguyễn Văn Thanh, Chủ tịch Công đoàn cơ sở (đại diện cho NLĐ) không được ủy quyền và chưa thông qua toàn bộ thành viên tham gia góp vốn. Ngoài ra, lãnh đạo trung tâm còn tự ý cho 160 cán bộ, công nhân lao động của trung tâm góp gần 600 triệu đồng để kinh doanh cây lộc vừng nhưng không đem lại hiệu quả khi 550/796 cây đã bị chết.
Theo kết luận Thanh tra, Trung tâm CVCX còn tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp so với báo cáo tài chính gần 98 triệu đồng; lập quỹ phát triển thể dục thể thao và quỹ công đoàn với số tiền hơn 210 triệu đồng không đúng quy định; giao dự toán và nghiệm thu khối lượng công việc, sử dụng mức tiền lương hoạt động công ích trái với quyết định của UBND tỉnh Thừa Thiên-Huế.
Ông Phan Trọng Vinh, Chủ tịch UBND TP Huế cho rằng: Các hợp đồng ký kết của lãnh đạo trung tâm chưa được sự ủy quyền và chưa thông qua các thành viên tham gia góp vốn là việc làm thiếu dân chủ, mang tính áp đặt, vi phạm Nghị định 71/1998/NĐ-CP về quy chế thực hiện dân chủ trong hoạt động của cơ quan. Đến nay, đã hết thời gian 5 năm như nội dung ký trong hợp đồng nhưng số tiền 2,294 tỷ đồng của những người tham gia góp vốn không được Trung tâm CVCX thông báo lãi, lỗ và chi trả khiến nhiều người bức xúc…
Liên quan đến những sai phạm tại Trung tâm CVCX Huế, Chủ tịch UBND TP Huế cũng ra quyết định kỷ luật với hình thức phê bình, rút kinh nghiệm đối với ông Nguyễn Văn Thanh, Chủ tịch Công đoàn cơ sở. 3 cán bộ liên quan đến sai phạm gồm: Trần Văn Du, Trưởng phòng Tổ chức hành chính; Trần Ngọc Nhuận, kế toán viên và Đội trưởng Đội vườn ươm cũng nhận hình thức kỷ luật khiển trách