Đoàn thanh tra cũng đã phát hiện nhiều sai phạm tại các dự án thủy điện vừa và nhỏ như báo cáo đánh giá tác động môi trường còn sơ sài, thiếu các giải pháp ứng phó với sự cố; quyết định thu hồi đất, giao đất trái thẩm quyền; chủ đầu tư chưa thực hiện nghiêm túc việc thu dọn lòng hồ trước khi tích nước, phương án tái định cư cho người dân mất đất, trồng rừng bù…