Năm 2013, chương trình cấp thêm 50 tỷ đồng cho 4 dự án của 4 tỉnh gồm Bắc Giang, Hà Nam, Thái Bình, Ninh Bình. Tuy nhiên, hiện nay chỉ có dự án khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường làng nghề giấy Phong Khê (Bắc Ninh) đang triển khai thi công. Các dự án còn lại đều chưa được triển khai xây dựng, mới chỉ dừng lại ở việc phê duyệt dự án, phê duyệt đấu thầu hoặc bàn giao đất cho công trình.
Với dự án cải thiện và phục hồi môi trường tại một số khu vực bị ô nhiễm đặc biệt nghiêm trọng do hóa chất bảo vệ thực vật tồn lưu, có 4 dự án cho 4 tỉnh, thành phố được hỗ trợ kinh phí năm 2012 đến nay đều vẫn đang triển khai, chưa hoàn thành. Đối với 9 dự án được hỗ trợ năm 2013, chỉ có 1 dự án ở Nghệ An đã hoàn thành việc xử lý