Liên quan đến vụ án, ngày 11/1/2012, Phạm Bá Nghiệp – Giám đốc công ty TNHH SX-TM - DV Hưng Nghiệp (Công ty Hưng Nghiệp) ký tờ khai Hải quan điện tử số 527 ngày 11/1/2012 với nội dung: Công ty Hưng Nghiệp XK sang Trung Quốc mặt hàng áo thun (100% cotton, không nhãn mác) gồm 125.000 cái, trị giá 125.000 USD. Lô hàng trên đóng trong 2 container/20’, được hệ thống thông quan điện tử phân vào luồng xanh (hàng miễn kiểm tra).
Qua đối chiếu, thấy trọng lượng hàng hoá khai báo theo tờ khai Hải quan điện tử nhỏ hơn so với trọng lượng thực tế do dữ liệu trên hệ thống của cảng Tân Cảng cung cấp, nhân viên hải quan nhận thấy lô hàng này có dấu hiệu bất thường nên chuyển sang máy soi để kiểm tra. Qua hình ảnh của máy soi, hàng hoá chứa trong 2 container không phải là hàng may mặc mà toàn bộ đều là gỗ. Tiến hành khám xét thực tế, bên trong 2 container/20’ có tổng cộng 51 khúc gỗ giáng hương thuộc diện cấm xuất.
Từ phát hiện sai phạm trên, Cục Hải quan TP.Hồ Chí Minh yêu cầu các Chi cục rà soát tất cả các lô hàng XK của công ty Hưng Nghiệp và công ty TNHH XD-TM-DV Huy Vũ (công ty Huy Vũ) khai báo là hàng may mặc XK đang tồn tại bãi Hải quan đã làm thủ tục thông quan luồng xanh và chờ xếp lên tàu để xuất đi đều phải đưa vào diện kiểm tra. Tại cửa khẩu Tân Cảng, nhân viên Hải quan kịp thời ngăn chặn 4 container 40’ của công ty Hưng Nghiệp là hàng may mặc xuất sang Trung Quốc đã hạ bãi chờ bốc xếp xuống tàu, 4 container hàng này được nhanh chóng kiểm tra qua máy soi thì phát hiện toàn bộ bên trong container là gỗ lóng.
Với thủ đoạn như trên, qua rà soát cơ quan Hải quan phát hiện có 14 container hàng của công ty Hưng Nghiệp và 1 container hàng của công ty Huy Vũ nằm rải rác tại cảng Tân Cảng và cảng Sài Gòn khu vực 4. Toàn bộ số hàng trong 15 container này khai báo hải quan là hàng may mặc XK sang Trung Quốc, Nga, Ukraina, nhưng thực chất đều là gỗ giáng hương. Theo lời khai của Phạm Bá Nghiệp, khi Nguyễn Văn Huy nhờ Nghiệp XK hàng áo thun đi Trung Quốc và Nga, mỗi container Huy trả cho Nghiệp 600.000đ. Từ tháng 11/2011 Nghiệp đã giao hẳn cho Huy số tài khoản, mật khẩu khai báo hải quan điện tử (password) của hải quan cấp cho công ty Hưng Nghiệp để Huy sử dụng khai tờ khai Hải quan điện tử.
Còn các giấy giới thiệu thì Nghiệp ký khống cho Huy để đi làm thủ tục Hải quan. Trong vụ này, Nghiệp đã ký tên, đóng dấu vào 7 tờ khai Hải quan điện tử. Kết quả giám định, số gỗ chứa trong 15 container đều là gỗ giáng hương, số lượng 344,623m3, có tổng trị giá gần 17,6 tỷ đồng