Trong khi đó, tình hình tuyển sinh bậc Thạc sĩ có phần khả quan hơn, tuyển được khoảng gần 70% tổng chỉ tiêu. Cao nhất là tuyển sinh bậc đại học với 83,46% tổng chỉ tiêu được giao cho các trường trên cả nước. Tiếp đến năm học 2020-2021, cả nước tuyển 5.056 chỉ tiêu Tiến sĩ, nhưng số người trúng tuyển chỉ đạt gần 35%, tương đương 1.735 chỉ tiêu, thừa 3.300 chỉ tiêu.
Với bậc Thạc sĩ và đại học, số lượng tuyển cũng tăng cao hơn năm học 2019 - 2022. Cụ thể, Thạc sĩ tuyển được 72,48% và đại học là 89%. Như vậy, trong 2 năm liên tiếp 2021 và 2020, tổng chỉ tiêu đào tạo bậc Tiến sĩ được giao cho các trường là 10.167, nhưng các trường chỉ tuyển được 3.009 người, còn thừa 7.158 chỉ tiêu.
Theo lý giải của Bộ GD&ĐT, việc tuyển sinh trình độ Tiến sĩ có phần suy giảm do yêu cầu đầu vào và chuẩn đầu ra đối với đào tạo trình độ này cao hơn, theo quy định tại quy chế tuyển sinh và đào tạo trình độ Tiến sĩ ban hành kèm thông tư 08 năm 2017. Giai đoạn này, ứng viên phải có bằng Thạc sĩ hoặc tốt nghiệp đại học loại giỏi, có chứng chỉ tiếng Anh quốc tế và hai bài báo quốc tế đăng trên tạp chí uy tín; người hướng dẫn cũng phải có công bố quốc tế.
Tuy nhiên, đến ngày 15/8/2021, Bộ GD&ĐT ban hành quy chế mới với một số quy định được cho là "dễ" hơn như chấp nhận công bố khoa học trong nước bên cạnh các công bố quốc tế, cho dùng chứng chỉ quốc gia theo khung ngoại ngữ 6 bậc dùng cho Việt Nam để chứng minh trình độ ngoại ngữ thay vì chỉ được dùng chứng chỉ quốc tế như IELTS, TOEFL. Cùng với quy chế mới, chỉ tiêu đào tạo trình độ Tiến sĩ năm học 2021-2022 tăng lên thành hơn 5.500, tuy nhiên đến nay, Bộ GD&ĐT chưa có thống kê cụ thể về số tuyển được.
Đại học Quốc gia Hà Nội trao học bổng giá trị lớn cho nghiên cứu sinh và thực tập sinh sau tiến sĩ 
