Là một bộ luật lớn, liên quan trực tiếp đến quyền con người và việc đảm bảo trật tự an toàn xã hội, cho đến thời điểm này, vẫn còn 9 vấn đề gây ra nhiều tranh luận và chưa đi đến thống nhất tại phiên họp lần này.
Về việc bổ sung cơ quan thuế, kiểm ngư, chứng khoán được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, thường trực Ủy ban Tư pháp (UBTP) bày tỏ quan điểm không nhất trí do địa bàn hoạt động của cơ quan Thuế, Ủy ban Chứng khoán nhà nước gần các cơ quan điều tra chuyên trách, khi phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm thì có thể chuyển ngay tài liệu, hồ sơ cho cơ quan điều tra; trên biển đã có Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển, khi phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan Kiểm ngư có thể chuyển cho các lực lượng này là phù hợp.
Vì vậy, tiếp thu ý kiến đa số đại biểu Quốc hội (ĐBQH), để đáp ứng yêu cầu cải cách tư pháp, chủ trương thu gọn đầu mối cơ quan điều tra, bảo đảm tính chuyên nghiệp trong hoạt động điều tra, tránh oan, sai, bỏ lọt tội phạm, tránh chồng chéo trong thực thi nhiệm vụ đấu tranh phòng, chống tội phạm, đa số ý kiến Thường trực UBTP đề nghị không bổ sung các cơ quan trên.
Ý kiến này cũng nhận được sự nhất trí của Phó trưởng Ban chỉ đạo cải cách tư pháp Trung ương Lê Thị Thu Ba: “Bộ Chính trị đã có Kết luận số 92 nói rõ giữ 5 đầu mối cơ quan điều tra chuyên trách, bên cạnh đó có 4 cơ quan được giao thẩm quyền tiến hành một số hoạt động điều tra là Hải quan, Cảnh sát biển, Biên phòng, Kiểm lâm. Mặc dù khi trình đề án, Bộ Công an đã đề ra rất nhiều cơ quan được giao nhiệm vụ điều tra, nhưng Bộ Chính trị vẫn quyết phương án đó sau khi xem xét rất kỹ. Dù Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đề nghị nên bổ sung kiểm ngư, nhưng chúng tôi thấy rằng việc giao là không cần thiết, vì trên biển đã có 2 cơ quan khác có thẩm quyền. Khi hoạt động trên biển, 3 đơn vị này luôn gắn bó mật thiết với nhau, phối hợp với nhau… Mặt khác, việc điều tra ban đầu rất quan trọng, nếu các cơ quan không chuyên trách thực hiện điều tra ban đầu quá nhiều thì hiệu quả phòng chống tội phạm sẽ không cao”.
