Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, tháng 4/2010, Du truyền miệng qua một số người quen nội dung: "Tập đoàn Nam Cường là chủ đầu tư Khu đô thị Dương Nội - Hà Nội đang thi công hạ tầng tại khu A mở rộng. Do mới làm cơ sở hạ tầng nên chưa được đưa lên sàn giao dịch bất động sản để huy động vốn, nhưng theo quy định thì Tập đoàn có quyền huy động 20% khi triển khai hạ tầng…".
Thời điểm đó, Du đang giữ chức vụ Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn Nam Cường, kiêm Giám đốc Chi nhánh Nam Định nên khi nghe Du nói, những người có nhu cầu mua đất tưởng thật đã đến Văn phòng Chi nhánh Nam Định để làm theo hướng dẫn của Du và nộp tiền đặt cọc mua các lô đất. Du đã nhờ ông Hoàng Xuân Thủy là kế toán Chi nhánh
Trong thời gian từ 23/7/2010 đến 9/5/2011, đã có 23 người chuyển khoản hoặc trực tiếp nộp tại Chi nhánh Nam Định với tổng số tiền trên 87 tỷ 500 triệu đồng. Du khai, số tiền trên đã sử dụng hơn 73 tỷ 600 triệu đồng để mua USD để góp vốn kinh doanh, còn lại gần 14 tỷ đồng, Du sử dụng vào việc kinh doanh tại Chi nhánh Nam Định. Nhưng theo báo cáo của chi nhánh Nam Định, tính đến thời điểm Du bị bắt, tài sản của Chi nhánh Nam Định âm hơn 16 tỷ đồng. Theo quy định của pháp luật, Du phải chịu trách nhiệm về số tiền này.
Quá trình điều tra, cơ quan điều tra đã triệu tập 23 bị hại đến để lấy lời khai, nhưng chỉ có 16 người đến khai báo về hành vi phạm tội của Du và yêu cầu Du hoàn trả số tiền gần 69 tỷ đồng. Cơ quan điều tra sau đó đã nhiều lần triệu tập 7 bị hại còn lại, nhưng họ không tới nên chưa đủ căn cứ quy kết trách nhiệm của Du đối với số tiền 18 tỷ 700 triệu đồng đã thu của 7 bị hại. Sự việc sẽ được xem xét, giải quyết sau khi các bị hại đến tố cáo.
Viện KSND Tối cao xác định, Khu đô thị mới Dương Nội do Công ty cổ phần Tập đoàn Nam Cường làm chủ đầu tư. Đến ngày 23/7/2010 chưa xây dựng xong cơ sở hạ tầng nên chưa đưa lên sàn giao dịch để bán. Công ty cổ phần Tập đoàn Nam Cường không ủy quyền cho Phạm Trọng Du bán các lô đất này. Thông qua việc đưa tin công ty bán các lô đất tại Khu đô thị mới Dương Nội, Du đã lợi dụng danh nghĩa công ty để thu tiền của 16 người mua đất tại khu đô thị này với tổng số tiền gần 69 tỷ đồng, sau đó chiếm đoạt để sử dụng vào mục đích cá nhân và kinh doanh thua lỗ hết số tiền này.
Khi HĐXX thẩm vấn, bị cáo Du khai báo quanh co, không thừa nhận hành vi phạm tội. HĐXX yêu cầu đưa ra tài liệu, chứng cứ chứng minh không phạm tội, bị cáo nói rằng: "Tôi không nhớ các giấy tờ liên quan đến việc được bán đất để ở đâu, cũng không nhớ đã thu của bao nhiêu người và số tiền là bao nhiêu. Sự quanh co của bị cáo càng thể hiện rõ qua lời biện minh: "Tôi không nhờ kế toán Chi nhánh
Nhưng khi HĐXX hỏi: "Nếu việc thu tiền danh chính ngôn thuận thì tại sao với vai trò là giám đốc chi nhánh, lúc đó bị cáo lại không chỉ đạo kế toán nhập tiền vào quỹ theo quy định, mà tự giữ để sử dụng vào mục đích cá nhân?". Bị cáo im lặng. Trong quá trình xét xử, do cần làm rõ vai trò, trách nhiệm của một số người môi giới bán đất cho bị cáo Du, nhưng chưa có mặt tại phiên tòa này nên HĐXX tạm hoãn phiên tòa, yêu cầu điều tra bổ sung
