Trong thời gian hoạt động (từ 2012-2021), MEC thường xuyên tổ chức các khóa học nâng cao nghiệp vụ cho các phóng viên, đặc biệt là kỹ năng viết bài điều tra, kỹ năng viết bài về thực phẩm bẩn... sau đó lan tỏa truyền thông để thu hút tiền tài trợ của các tổ chức trong và ngoài nước lên đến gần 20 tỉ đồng. Mặc dù có doanh thu khủng nhưng Lợi cùng đồng phạm đã không thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ theo quy định pháp luật, trốn thuế gần 2 tỉ đồng.
Nhận gần 20 tỉ đồng tài trợ
MEC thành lập từ năm 2012 theo quyết định của Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam, với số vốn điều lệ 250 triệu đồng, do 3 cổ đông sáng lập gồm: Mai Văn Lợị; Mai Lương Việt (anh họ Lợi) và Nguyễn Thúy Vân. Mai Phan Lợi là Chủ tịch Hội đồng Quản lý Trung tâm; Nguyễn Thúy Vân là Giám đốc Trung tâm (từ tháng 8/2012 – 1/2014). Sau khi Vân nghỉ việc tại MEC, Bạch Hùng Dương là Giám đốc, người đại diện pháp luật của Trung tâm. MEC hoạt động theo mô hình doanh nghiệp, có con dấu riêng, có tài khoản riêng tại các ngân hàng, hoạt động theo phương thức hạch toán độc lập.
Từ năm 2012-2020, MEC được biết đến là một trung tâm truyền thông, giáo dục cộng đồng, tổ chức các khóa tập huấn ngắn ngày cho những người làm báo, những bloger.
Tiếp đó, Trung tâm MEC còn được biết tới với dự án giáo dục truyền thông “Chống thực phẩm bẩn”. Theo đó, MEC đẩy mạnh tuyên truyền về vấn đề vệ sinh an toàn thực phẩm.
Từ các hoạt động của MEC với các dự án có tác động đến cộng đồng và gây được tiếng vang nhất định. Mai Phan Lợi trực tiếp quản lý, là người liên hệ với nhiều tổ chức, đơn vị trong nước và nước ngoài để thỏa thuận thực hiện công việc theo các hợp đồng dịch vụ, thỏa thuận hợp tác hay hợp đồng tài trợ. Vì vậy, doanh thu của MEC là các khoản tiền tài trợ được nhận từ các tổ chức trong và ngoài nước từ các hợp đồng thực hiện các công việc theo thảo thuận cho các tổ chức, các quỹ. Từ năm 2012 đến tháng 3-2021, MEC đã phát sinh doanh thu nhận tổng số tiền gần 20 tỉ đồng.
Không báo cáo tài chính, trốn thuế, hưởng lợi cá nhân
Ngày 20-5-2021, Cục Thuế TP Hà Nội đã có công văn gửi Cơ quan cảnh sát điều tra công an TP Hà Nội phản ánh Trung tâm MEC có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, đề nghị Cơ quan điều tra xác định làm rõ hành vi có dấu hiệu trốn thuế xảy ra tại Trung tâm MEC. Ngày 2-7, Cơ quan cảnh sát điều tra, Công an thành phố Hà Nội đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can, ra lệnh tạm giam đối với Mai Phan Lợi vì có hành vi trốn thuế, quy định tại Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015.
Trong vụ án này, Mai Phan Lợi với tư cách là cổ đông, Chủ tịch Hội đồng sáng lập, Chủ tịch Hội đồng Khoa học MEC nhưng thực tế Mai Phan Lợi là người điều hành mọi hoạt động của MEC. Theo đó, từ năm 2012 đến tháng 3-2021, Lợi đã chỉ đạo nhân viên của Trung tâm MEC nhận gần 20 tỉ đồng để thực hiện các công việc theo thỏa thuận cho các tổ chức trong nước và nước ngoài nhưng không nộp báo cáo tài chính, không nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, không nộp tờ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan quản lý thuế theo quy định, không có sổ kế toán theo quy định. Hành vi của ông Mai Phan Lợi bị cơ quan truy tố cáo buộc "nhằm trốn thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế giá trị gia tăng".
Theo cáo trạng của VKSND TP Hà Nội, số tiền thuế trốn là gần 2 tỉ đồng tương ứng số tiền Trung tâm MEC đã nhận là gần 20 tỉ đồng. Viện Kiểm sát xác định bị can Mai Phan Lợi phải chịu trách nhiệm với vai trò là chủ mưu, cầm đầu đối với số tiền gần 2 tỉ đồng là tiền thuế trốn của MEC từ năm 2012 đến nay. Trong vụ án này, bị can Mai Phan Lợi thực hiện hành vi phạm tội với các vai trò là người chủ mưu, cầm đầu, trực tiếp chỉ đạo cho nhân viên dưới quyền không thực hiện kê khai nộp thuế, trực tiếp chiếm hưởng toàn bộ số tiền trốn thuế.
Bị can Bạch Hùng Dương được Mai Phan Lợi thuê làm Giám đốc, người đại diện theo pháp luật của MEC trong thời gian rất dài (từ năm 2014 cho đến khi bị khởi tố). Dương là cử nhân chuyên ngành Luật kinh tế, Dương phải nhận thức được đối với số tiền mà Trung tâm MEC nhận từ các tổ chức trong và ngoài nước phải kê khai nộp thuế theo quy định. Dương phải chịu trách nhiệm với vai trò Giám đốc, đại diện theo pháp luật Trung tâm MEC từ tháng 1-2014 cho đến khi bị khởi tố. Căn cứ Bảng tính số thuế giá trị gia tăng trốn theo tháng do Giám định viên Cục thuế Hà Nội lập, xác định bị can Dương phải chịu trách nhiệm đối với số tiền thuế giá trị gia tăng trốn của MEC từ tháng 1-2014 đến nay, với tổng số tiền là hơn 878 triệu đồng. Hành vi của Bạch Hùng Dương đã cấu thành tội "Trốn thuế" theo quy định tại Điều 200, khoản 2 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Cũng theo nội dung cáo trạng, ông Mai Lương Việt là đồng sáng lập trung tâm nhưng không tham gia điều hành, không liên quan đến việc ông Mai Phan Lợi trốn thuế nên không có căn cứ xử lý hình sự. Bà Nguyễn Thúy Vân cũng là cổ đông sáng lập, làm giám đốc trung tâm từ năm 2012-2014. Bà Vân bị xác định có trách nhiệm liên đới với số tiền trốn thuế thời gian bà làm giám đốc hơn 110 triệu đồng. Hành vi của bà Vân có dấu hiệu đồng phạm tội trốn thuế. Tuy nhiên Viện Kiểm sát nhận định hành vi của bà Vân đã kết thúc vào tháng 1-2014, đến nay hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự nên cơ quan điều tra không truy cứu là có căn cứ.
Ngoài ra, Viện Kiểm sát cũng kiến nghị Bộ Khoa học và Công nghệ, Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam thu hồi giấy chứng nhận thành lập và giấy phép hoạt động của MEC.
Khởi tố về tội trốn thuế đối với Mai Phan Lợi 
Thu hồi thẻ nhà báo của ông Mai Phan Lợi 
