Báo cáo của VCCI nhấn mạnh: Một bộ phận lớn các DN dân doanh là các DN nhỏ và vừa chưa thực sự được đối xử bình đẳng với khối doanh nghiệp Nhà nước (DNNN), DN FDI. Kết quả khảo sát PCI 2013 cũng cho thấy nhóm khó khăn hàng đầu mà các DN phản ánh qua khảo sát DN gần đây của VCCI là sự chưa bình đẳng trong môi trường kinh doanh tại Việt Nam hiện nay. Mặc dù có số lượng áp đảo tại Việt Nam, nhưng các DN dân doanh đang cảm nhận sự lấn át từ phía các DN có vốn đầu tư nước ngoài, DNNN và DN lớn có mối quan hệ thân quen. Điều tra của VCCI cũng phát hiện ra rằng: Nhiều chính quyền địa phương ưu tiên thu hút đầu tư nước ngoài hơn là phát triển kinh tế tư nhân. Cảm nhận rõ nét nhất là tại những nơi có lượng đầu tư nước ngoài lớn hoặc chính quyền đang tập trung mọi nỗ lực vào thu hút đầu tư nước ngoài.
Cũng trong năm 2013, có 32% DN dân doanh trong nước cho biết tỉnh ưu tiên giải quyết các vấn đề, khó khăn cho DN nước ngoài hơn là DN trong nước, dù vậy con số này đã giảm đáng kể so với tỷ lệ 58% vào năm 2005, khi VCCI bắt đầu tiến hành điều tra PCI. Quan điểm của VCCI dường như không phải là chủ quan. Trong nghiên cứu gửi đến Diễn đàn Kinh tế mùa xuân vừa qua, các tác giả Bùi Trinh, Kiyoshi Kobayashi cũng có nhiều nhận định tương đồng với báo cáo của VCCI liên quan đến khu vực FDI.
Nhóm tác giả bày tỏ: Khu vực cần được cư xử công bằng chính là khu vực kinh tế tư nhân. Đây là khu vực quan trọng nhất của nền kinh tế, nhưng còn bị cư xử thiếu công bằng qua chính sách. Trong khi đó, khu vực FDI được ưu đãi đủ thứ, từ chính sách đất đai, thuế, đến thái độ cư xử của chính quyền.
Trái ngược với những nhận định ở trên, trong chương trình Dân hỏi Bộ trưởng trả lời ngày 4/5, Bộ trưởng Bộ KH&ĐT Bùi Quang Vinh đã phủ nhận tình trạng "thiên vị" cho DN FDI. Bộ trưởng Bùi Quang Vinh cho rằng: Không thể nói là DN nước ngoài được ưu đãi đầu tư rất nhiều, còn DN trong nước thì không, mà hai bên đều có những khó khăn và thuận lợi riêng. Thế nhưng, Bộ trưởng Bùi Quang Vinh cũng phải thừa nhận một thực tế: Nói một cách công bằng, thời gian vừa qua, chúng ta trọng tâm và chú ý nhiều vào mảng DN đầu tư trực tiếp nước ngoài. Bởi vì họ có vai trò riêng, trong lúc chúng ta đang thiếu hụt nguồn lực về vốn, kinh nghiệm, về khoa học công nghệ. Không chỉ có Việt Nam mà tất cả các quốc gia khác, kể các quốc gia phát triển đều phải thu hút đầu tư nước ngoài.
Trao đổi với phóng viên, GS.TS Đặng Đình Đào, Viện Thương mại và Kinh tế quốc tế cho rằng: Môi trường đầu tư hiện nay đã thông thoáng hơn và bình đẳng cho cả DN dân doanh lẫn DN FDI. Hai bộ phận DN này đều cần thiết cho sự phát triển kinh tế của đất nước. Tất nhiên các ưu đãi trong việc thu hút FDI là điều không thể không có và quốc gia nào cũng làm vậy. Vấn đề quan trọng là cần phải quản lí chặt chẽ các DN FDI để tránh hiện tượng chuyển giá, lỗ giả lãi thật, tìm cách thoái thác những nghĩa vụ tài chính, gây thất thu cho ngân sách. Còn các DN nội địa cũng nên hướng đến những chiến lược sản xuất kinh doanh phù hợp, lâu dài, thay vì chỉ chạy theo lợi ích ngắn hạn như thời gian qua
