Về sai phạm của ĐH Phan Châu Trinh, Phó Chánh Thanh tra Bộ GD&ĐT Phạm Văn Trúc cho biết, kết luận của Thanh tra Bộ là văn bản hành chính, nếu không đồng ý với kết luận thanh tra thì trường có quyền khiếu nại theo Luật Khiếu nại tố cáo. Nhưng vừa qua, trường đã có công văn phản kháng Bộ là không đúng theo văn bản hành chính. Trả lời câu hỏi, vì sao sự việc xảy ra từ năm 2007, đến nay Bộ mới biết, Phó Chánh Thanh tra Bộ cho hay, đúng là Bộ không biết thật vì trường không báo cáo trung thực, trong báo cáo thường xuyên, trường vẫn báo cáo xét tuyển (nhưng thực tế đã tự ý thi tuyển), chỉ đến khi có đơn tố cáo Bộ mới biết.
Còn Thứ trưởng Nguyễn Thị Nghĩa thừa nhận, đây cũng là sai sót của Bộ đã thiếu sự kiểm tra giám sát chặt chẽ, nhất là với những trường mới thành lập như ĐH Phan Châu Trinh. Bộ sẽ rút kinh nghiệm về khâu quản lí đối với các bộ phận liên quan. Liên quan đến việc xử lý số sinh viên của ĐH Phan Châu Trinh, Phó Chánh Thanh tra cho hay, mọi biện pháp giải quyết đều phải hướng tới việc giữ nghiêm kỷ cương quy chế, đồng thời sẽ đảm bảo quyền lợi tối đa cho sinh viên.
Xung quanh quan điểm của Bộ về việc ông Nguyễn Hải Châu, Phó Vụ trưởng Vụ Giáo dục trung học của Bộ tham gia chủ biên nhiều cuốn sách tham khảo, Thứ trưởng Nghĩa cho biết, một người chủ biên nhiều cuốn sách như vậy là không nên, biên soạn sách tham khảo phải có chừng mực để tránh hiểu lầm. Bộ cũng sẽ nghiêm túc rút kinh nghiệm qua sự việc này