Công tác bồi dưỡng, đào tạo và đào tạo lại được Hải quan tỉnh thực hiện theo hướng "chuyên trách, chuyên sâu, một người thạo một việc, biết nhiều việc". Từ đầu năm 2010, Hải quan Lạng Sơn đưa vào hoạt động hệ thống khai báo hải quan điện tử thí điểm tại Chi cục Hải quan cửa khẩu Hữu Nghị, Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế ga Đồng Đăng và Chi cục Hải quan quản lý các khu công nghiệp tỉnh Bắc Giang. Hiện đã có 30 doanh nghiệp tham gia làm thủ tục hải quan điện tử, đối với các loại hình kinh doanh XNK, gia công...
Nhờ những nỗ lực cải cách, năm 2009, mặc dù chịu ảnh hưởng chung của khủng hoảng tài chính toàn cầu, Hải quan Lạng Sơn vẫn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ: Tổng kim ngạch XNK đạt hơn 1.700 triệu USD, tăng 9%; thu thuế XNK hơn 1.636 tỷ đồng, tăng 26%. Hiện đại hoá thủ tục hải quan, trong 3 tháng đầu năm 2010, Cục đã làm thủ tục cho trên 4.000 tờ khai XK (tăng 81%) và trên 12.000 bộ tờ khai NK (tăng 17%), kim ngạch XNK tăng 35% so với cùng kỳ, góp phần vào việc tăng trưởng GDP trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn và tỉnh Bắc Giang. Hình ảnh và vai trò của Hải quan Lạng Sơn từng bước tạo được niềm tin cho các doanh nghiệp tham gia hoạt động XNK