Sau khi kiểm tra, rà soát thực tế, đồng thời thống nhất với kết quả kiểm tra của Công an TP, Sở GTVT kiến nghị UBND TP Hà Nội cho thu hồi toàn bộ diện tích gầm cầu Thanh Trì và đoạn tuyến Nam vành đai 3 giao cho Sở GTVT quản lý đồng bộ kết cấu hạ tầng giao thông của cầu (phần mặt cầu và dưới gầm cầu).
Đồng thời cho phép quây rào khoang gầm cầu, lát gạch để chống tái lấn chiếm. Đối với gầm cầu Thăng Long, Long Biên hiện chưa bàn giao cho Hà Nội, đề nghị UBND TP Hà Nội có văn bản kiến nghị Bộ GTVT không cho phép sử dụng gầm cầu để làm bãi đỗ xe, kho chứa, nhà lán kinh doanh dịch vụ gây mất an toàn cho công trình