Hiện tại Hà Nội đã tiếp nhận hiện trạng Khu A - B thuộc Khu khảo cổ học 18 Hoàng Diệu (không bao gồm hồ sơ, kết quả nghiên cứu, hiện vật). Hai khu C - D hiện vẫn do Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam quản lý, chưa hợp tác để thực hiện bàn giao cho UBND TP, làm ảnh hưởng đến việc nắm vững số lượng di vật để có kế hoạch bảo quản và phát huy giá trị di sản.
Còn tại Khu di tích Thành cổ Hà Nội, hiện Bộ Quốc phòng đã bàn giao cho TP Hà Nội quản lý 9,14ha, còn lại 4,72ha chưa tiến hành bàn giao