Do đặc điểm phân bố nguồn nước ở đây phức tạp, các tầng chứa nước nhạt và nước mặn đan xen, nguồn nước ngọt khan hiếm, nên nhiều giếng khoan trên địa ban tỉnh đã bị hỏng, xâm nhập mặn.
Đây là một trong những nguồn có nguy cơ lớn gây ô nhiễm, nhiễm mặn các tầng chứa nước ngọt nếu không được xử lý, trám lấp kịp thời. Vì vậy, Bộ TN & MT đã đề nghị UBND tỉnh Kiên Giang đầu tư, xử lý trám lấp khoảng 2000 giếng hỏng không còn sử dụng, khoanh định vùng cấm, vùng hạn chế khai thác nước dưới đất và tăng cường công tác quản lý, bảo vệ nguồn nước dưới đất