Các đoàn có nhiệm vụ thu thập thông tin, đánh giá tình hình thiệt hại về y tế, tình hình dịch bệnh của địa phương sau bão lụt; chỉ đạo kiểm tra, hướng dẫn công tác phòng, chống dịch bệnh, vệ sinh môi trường, ATVSTP và tổ chức cấp cứu điều trị bệnh nhân tại địa phương sau bão lụt.
Các đoàn này còn phải chỉ đạo, kiểm tra và hướng dẫn việc cung cấp nước sạch, xử lý môi trường, đồng thời kiểm tra công tác đáp ứng vật tư, hóa chất cho công tác phòng, chống dịch bệnh