Năm 2022-2023, Thủ tướng Chính phủ đã giao cho 14 bộ, cơ quan trung ương và 58 địa phương với 265 dự án và 3 nhiệm vụ trong 2 năm 2022 - 2023 với tổng số tiền 175.490,7 tỷ đồng, đạt 99,7% hạn mức vốn tại Nghị quyết 43/2022/QH15.
Đến ngày 31/1/2024, số vốn về đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng của các Bộ, cơ quan trung ương và địa phương đã phân bổ vốn, điều chỉnh linh hoạt vốn là 103.886,5 tỷ đồng, bằng 79,6% tổng hạn mức vốn Thủ tướng Chính phủ giao. Năm 2024, số vốn giải ngân tính đến 31/3/2024 là 1.684,5 tỷ đồng, đạt 27,5% so với kế hoạch vốn năm đã phân bổ.
Mặc dù nguồn vốn đã giao để đầu tư phát triển rất rõ ràng, thế nhưng kết quả kiểm toán tổng hợp cho thấy, công tác tham mưu trình Chính phủ để báo cáo Quốc hội ban hành Nghị quyết 43/2022/QH15 với tiến độ thực hiện ban đầu trong 2 năm 2022-2023 còn chưa khả thi, trong quá trình thực hiện đã báo cáo Quốc hội cho phép kéo dài thời gian thực hiện và giải ngân kế hoạch vốn thuộc Chương trình đến hết 31/12/2024; tiến độ giải ngân của nhiều dự án rất chậm so với yêu cầu của Nghị quyết số 43/2022/QH15.
Đánh giá từ KTNN cho thấy, việc giải ngân chậm xuất phát từ hai nhóm nguyên nhân. Cụ thể, nhóm nguyên nhân thuộc trách nhiệm của các cơ quan có liên quan trong công tác tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ thông báo, giao kế hoạch vốn Chương trình. Ví như, danh mục và mức vốn dự kiến bố trí cho các dự án trình Quốc hội, trong đó các dự án thuộc lĩnh vực y tế mới chỉ xác định được các địa phương, các tuyến y tế cơ sở và y tế dự phòng, trung tâm kiểm soát bệnh tật, bệnh viện, viện cấp trung ương cần đầu tư. Do đó phải thực hiện rà soát, đánh giá thực trạng để đề xuất lại danh mục, dẫn đến mất nhiều thời gian và chậm ban hành thông báo mức vốn của Chương trình.
Bên cạnh đó, việc báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định và ủy quyền cho Bộ trưởng Bộ KH&ĐT thông báo tổng mức vốn, chi tiết danh mục và mức vốn dự kiến cho từng nhiệm vụ, dự án của từng bộ, cơ quan trung ương và địa phương để làm căn cứ hoàn thiện thủ tục đầu tư còn chưa đáp ứng tiến độ theo yêu cầu. Ngoài ra, ngày 21/9/2023 Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định về giao kế hoạch vốn ngân sách trung ương của Chương trình cho 223 nhiệm vụ, dự án với số vốn 147.138 tỷ đồng (giao lần 1) song Bộ KH&ĐT chưa kịp thời rà soát, tham mưu cho Thủ tướng Chính phủ giao vốn năm 2022 để các bộ, cơ quan trung ương và địa phương tổ chức triển khai thực hiện ngay trong năm. Thực hiện giao kế hoạch đầu tư vốn NSNN năm 2023 cho Bộ y tế 1.465 tỷ đồng trong khi chưa thực hiện giao vốn tổng thể của Chương trình… Việc phân bổ vốn cho các dự án thuộc Chương trình cần thời gian để hoàn thiện các thủ tục trước khi báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội có ý kiến để giao kế hoạch vốn, nhằm bảo đảm theo quy định của Luật Đầu tư công, trong khi đó, thời gian thực hiện và giải ngân nguồn vốn của Chương trình là tương đối ngắn. Bộ KH&ĐT chưa tham mưu Chính phủ trình Quốc hội khóa XV tại Kỳ họp thứ 6 để cắt giảm quy mô đầu tư và không tiếp tục thực hiện đối với 7 dự án với số vốn 1.217,628 tỷ đồng từ Chương trình của hai Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội và Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Cụ thể, Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội đề nghị dừng triển khai 5 dự án với số vốn là 946,6 tỷ đồng. Nguyên nhân theo báo cáo có 3 dự án được giao vốn Chương trình trong nội dung "Đầu tư các cơ sở bảo trợ xã hội, đào tạo và dạy nghề, kết nối và giải quyết việc làm" là không phù hợp với Nghị quyết số 11/NQ-CP ngày 30/01/2022 của Chính phủ; 2 dự án còn lại do chưa kịp hoàn thiện định mức kinh tế- kỹ thuật, đơn giá định mức đầu tư. Tiếp đến là Bộ Giáo dục và Đào tạo đề nghị dừng triển khai 1 dự án, cắt giảm quy mô đầu tư 1 dự án với số vốn là 271,028 tỷ đồng.
Ngoài các nguyên nhân nói trên, KTNN cũng chỉ ra đa số các bộ, cơ quan trung ương và địa phương chủ yếu đăng ký các dự án chưa có trong kế hoạch vốn trung hạn giai đoạn 2021-2025 (255/264 dự án) nên tính sẵn sàng và khả năng hấp thụ vốn không cao. Một số bộ, cơ quan và địa phương chưa chủ động tích cực và kịp thời thực hiện các nội dung, nhiệm vụ theo yêu cầu; các bộ, cơ quan trung ương, địa phương chậm giao vốn, chậm thực hiện công tác chuẩn bị đầu tư, chậm triển khai thi công các dự án. Mặt khác, trong tổng số 219 dự án được thông báo danh mục và mức vốn để hoàn thiện thủ tục đầu tư, phê duyệt chủ trương đầu tư có 50 dự án chậm so với yêu cầu.
Đến ngày 28/6/2022 còn 25 dự án thuộc các bộ, cơ quan trung ương và địa phương chưa đề xuất giao vốn như tỉnh An Giang, Khánh Hòa, Bình Thuận, Bà Rịa Vũng Tàu, Thanh Hóa; TP Cần Thơ; Bộ NN&PTNT; Bộ Tài chính; Bộ Xây dựng; Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội. Ngoài ra, qua kết quả kiểm toán tại một số bộ, cơ quan trung ương và địa phương cho thấy: Trong tổng mức vốn chi đầu tư phát triển vốn ngân sách trung ương giao cho Chương trình có bố trí bổ sung cho các dự án đầu tư thuộc kế hoạch đầu tư công trung hạn. Tuy nhiên, Bộ Tài chính chưa có phương án, đề xuất giải pháp để theo dõi riêng số giải ngân nguồn vốn của Chương trình nên việc tổng hợp số vốn giải ngân cho các dự án thuộc kế hoạch đầu tư công trung hạn gặp khó khăn…
Kiểm toán chỉ ra nhiều bộ, cơ quan trung ương lập dự toán chi thường xuyên chưa phù hợp với quy định 
