Năm 2009, Kiểm toán Nhà nước đã tiến hành kiểm toán báo cáo quyết toán của 21 bộ, cơ quan Trung ương, 37 tỉnh, thành phố, 22 dự án đầu tư, chương trình mục tiêu quốc gia, 5 chuyên đề, 31 tập đoàn, tổng công ty và các tổ chức tài chính ngân hàng...
Qua đó, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị Chính phủ và Quốc hội xử lý tài chính 14.768 tỷ đồng, bao gồm các khoản tăng thu, giảm chi, nợ đọng, các khoản phải nộp hoàn trả và quản lý qua ngân sách nhà nước, và các xử lý khác.
Theo kết quả kiểm toán về thu ngân sách nhà nước năm 2008 cho thấy, thu đã vượt 13,77% dự toán, hầu hết các khoản thu đều vượt, ngoại trừ thu phí xăng dầu chỉ đạt 90,7% dự toán.
Tuy nhiên, trong công tác thu ngân sách 2008, việc lập dự toán thu chưa sát thực tế , một số bộ ngành có phát sinh nguồn thu nhưng không được Bộ Tài chính giao dự toán hoặc dự toán thu trong niên độ thấp hơn 2007. Vì vậy, Kiểm toán Nhà nước đề nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính cùng các bộ ngành thực hiện tăng thu 4.536 tỷ đồng, trong đó, tăng thu ngân sách 3.351 tỷ đồng.
Kiểm toán Nhà nước cũng đề nghị giảm chi trên 3.404 tỷ đồng, trong đó giảm chi ngân sách Nhà nước trên 3.085 tỷ đồng chi sai chế độ.
Về thực hiện kiểm toán 5 chuyên đề, Kiểm toán Nhà nước xác định còn một số tồn tại bất cập: cụ thể, trong việc kiểm toán về cấp bù lỗ tại các đầu mối nhập khẩu xăng dầu giai đoạn 2006-2008, Kiểm toán Nhà nước cho biết một số đầu mối áp dụng mức chiết khấu bán hàng cao hơn quy định .
Một số đơn vị tại thời điểm nhà nước tăng giá vẫn bán theo giá cũ; hạch toán sai chi phí, phân bổ chi phí không đúng đối tượng. Kiểm toán Nhà nước kiến nghị điều chỉnh giảm trên 1.025 tỷ đồng trong khoản bù lỗ kinh doanh các mặt hàng dầu mà các đơn vị đề nghị.
Về việc thực hiện các nhóm giải pháp kiềm chế lạm phát ổn định kinh tế vĩ mô, bảo đảm an sinh xã hội và tăng trưởng bền vững, các bộ ngành đã đình hoãn, ngừng triển khai và giãn tiến độ 120 dự án với tổng vốn hơn 358 tỷ đồng.
Tuy nhiên, vẫn còn 40 bộ, ngành được bố trí 11.706 tỷ đồng không cắt giảm được công trình, dự án nào, trong đó có Bộ Giao thông Vận tải, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Giáo dục - Đào tạo.
Các địa phương đã đình hoãn, ngừng triển khai và giãn tiến độ 1.884 dự án với tổng số vốn 5.662 tỷ đồng
