Ngay sau khi tiếp nhận thông tin từ phía khách hàng Nhật Bản, Thường trực Hiệp hội Lương thực Việt Nam đã làm việc với Công ty Bích Chi để làm rõ sự việc và có văn bản báo cáo Văn phòng Chính phủ, Bộ NN& PTNT và Bộ Công Thương để xem xét và có biện pháp giải quyết kịp thời, để hạn chế tối đa việc ảnh hưởng của vấn đề này đến xuất khẩu gạo của Việt Nam ở Nhật và các nước khác.
Đồng thời, khách hàng Nhật và Công ty Bích Chi cũng yêu cầu cơ quan kiểm dịch Nhật Bản cho kiểm tra lại mẫu, vì kiểm tra của Trung tâm Kỹ thuật tiêu chuẩn đo lường chất lượng 3 (Trung tâm 3) - TP HCM và Phòng thí nghiệm địa phương của khách hàng tại Kobe không có phát hiện biến đối gene này.
Theo kết quả mới nhất của Trung tâm 3, tất cả các mẫu nguyên liệu làm bánh phở xuất khẩu sang Nhật được thông báo có chứa chất GMO của Công ty Bích Chi là âm tính, không có chứa chất GMO như được thông báo. Về phía Nhật, Cục An toàn y tế và Thực phẩm Nhật Bản cũng thông báo các Sở kiểm dịch có sự điều chỉnh chất GMO được tìm thấy là chất CpTI thay vì Cry IAC như thông báo trước đây và đề nghị các Sở tăng cường kiểm tra chất CpTI đối với gạo và sản phẩm gạo của Việt Nam.
Vì vậy, Sở Kiểm dịch Nhật đã cho phép tiêu thụ 320 thùng bánh phở trong số 970 thùng bánh phở bị giữ lại trước đó. Ông Trương Thanh Phong, Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Việt Nam cho biết, Hiệp hội đã có văn bản báo cáo các Bộ liên quan và đề nghị thông qua ngoại giao để xác định với phía Nhật Bản là gạo Việt Nam không có chứa chất GMO