Công ty kho bãi thuộc Tổng Công ty địa ốc Sài Gòn được thuê để kinh doanh với thời hạn 50 năm. Ngày 27/10/2008, UBND thành phố đã phê duyệt phương án tổng thể sắp xếp nhà, đất của Công ty kho bãi thành phố; chấp thuận chuyển mục đích sử dụng nhà, đất xây dựng dự án, trong đó có nhà, đất trên.
Ngày 12/7/2011, UBND thành phố có văn bản chấp thuận chủ trương xử lý theo đề nghị của Sở Xây dựng về phương án chuyển giao các mặt bằng kho bãi cho Tổng Công ty địa ốc Sài Gòn để hoàn vốn đầu tư giai đoạn 1 dự án rạch Ụ Cây ở quận 8. Ngày 10/10/2011, UBND thành phố tiếp tục có văn bản chấp thuận cho Tổng Công ty địa ốc Sài Gòn được tiếp tục chuyển mục đích sử dụng đất tại số 458 Nguyễn Tất Thành để đầu tư xây dựng theo quy hoạch.
Ngày 12/12/2016, UBND thành phố ban hành quyết định phê duyệt phương án giá đất theo giá thị trường đối với khu đất này để Tổng Công ty địa ốc Sài Gòn hoàn vốn đầu tư giai đoạn 1 cho dự án rạch Ụ Cây ở quận 8.
Thanh tra Chính phủ nhận định, UBND thành phố chấp thuận chủ trương chuyển giao một số mặt bằng kho, bãi cho Tổng Công ty địa ốc Sài Gòn để hoàn vốn đầu tư xây dựng giai đoạn 1 dự án rạch Ụ Cây, trong đó giao cho doanh nghiệp này được tiếp tục chuyển mục đích sử dụng đất tại mặt bằng 458 Nguyễn Tất Thành không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất là không đúng quy định của Luật Đất đai năm 2003 và Luật Đất đai năm 2013. Đồng thời, UBND thành phố ban hành quyết định phê duyệt giá trị quyền sử dụng đất tại số 458 Nguyễn Tất Thành để Tổng Công ty địa ốc Sài Gòn hoàn vốn đầu tư giai đoạn 1 dự án rạch Ụ Cây khi chưa có quyết định giao đất là không đúng quy định pháp luật.
Với dự án cao ốc Madison ở số 15 Thi Sách, do Công ty CP xây dựng Bắc Nam 79 làm chủ đầu tư, tổng diện tích 2.336m2, kết quả thanh tra cũng cho thấy Công ty TNHH MTV Quản lý kinh doanh nhà được UBND thành phố tạm giao quản lý, cho thuê theo quy định và đơn vị này đã ký hợp đồng cho Công ty TNHH MTV Phim Giải Phóng thuê lại.
Căn cứ đề nghị của Sở Tài nguyên - Môi trường vào tháng 6/2015, UBND thành phố đã chấp thuận cho Công ty CP xây dựng Bắc Nam 79 thuê khu đất trên với mục đích sử dụng làm văn phòng làm việc, thời hạn thuê 50 năm, hình thức thuê đất trả tiền hằng năm. Thanh tra Chính phủ xác định, việc Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đồng ý và Công ty TNHH MTV Phim Giải Phóng thỏa thuận chuyển quyền thuê nhà sang Công ty CP xây dựng Bắc Nam 79 là không đúng quy định của Luật Đất đai 2013.
Đồng thời, việc UBND thành phố cho phép khấu trừ giá trị tài sản trên đất là nhà thuộc sở hữu Nhà nước vào tiền sử dụng đất thay vì phải bán tài sản trên đất là vi phạm pháp luật. Hiện Cơ quan điều tra của Bộ Công an đã điều tra các vụ án có liên quan đến Phan Văn Anh Vũ, trong đó có nội dung về các vi phạm tại dự án trên. Do đó, Thanh tra Chính phủ cho rằng việc xử lý đối với khu đất sẽ được thực hiện theo bản án của tòa.
Tại dự án tòa nhà trên đường Trần Hưng Đạo, phường Cô Giang, quận 1, do Công ty CP Tập đoàn Vạn Thịnh Phát làm chủ đầu tư với tổng diện tích đất 1.954m2, kết quả thanh tra cho thấy, khu đất này trước đây là khách sạn Vạn Xuân, được thành phố cấp phép xây dựng cho đơn vị trực thuộc Tổng Công ty thương mại Sài Gòn. Tháng 12/1999, UBND thành phố có văn bản chấp thuận cho giải thể việc hợp tác kinh doanh giữa Công ty dịch vụ, thương mại thành phố và Công ty TNHH Vạn Thịnh Phát.
Cho phép Công ty dịch vụ và thương mại thành phố được chuyển nhượng phần góp vốn trong khách sạn Vạn Xuân cho Công ty TNHH Vạn Thịnh Phát với mức chuyến nhượng như định giá của Hội đồng định giá tài sản liên danh, không kể giá trị quyền sử dụng đất khoảng 8,2 tỷ đồng, nhằm tạo điều kiện để Công ty dịch vụ thương mại thành phố thu hồi, bảo toàn vốn.
Đồng thời cho phép Công ty TNHH Vạn Thịnh Phát tiếp tục đầu tư thêm vốn, bổ sung thêm một số chức năng theo quy định và tiếp tục hợp đồng thuê đất với cơ quan chuyên trách của thành phố. Sau khi Công ty TNHH Vạn Thịnh Phát hoàn tất việc chuyển nhượng phần vốn góp trong khách sạn Vạn Xuân, tháng 2/2006, UBND thành phố có quyết định cho công ty này được thuê khu đất để làm khách sạn và văn phòng, thời hạn cho thuê đến hết năm 2020.
Tháng 12/2012, Công ty CP tư vấn dịch vụ DATC có chứng thư thẩm định giá trị quyền sử dụng với khu đất này là 204,2 tỷ đồng, thì tháng 1/2013, Sở Tài chính cùng Sở Tài nguyên - Môi trường và Sở Xây dựng đã họp thẩm định giá. Ngày 17/4/2013, UBND thành phố quyết định duyệt giá trị quyền sử dụng đất với số tiền này.
Thanh tra Chính phủ xác định, UBND thành phố không tính doanh thu bãi đỗ xe theo quy định sẽ làm giảm giá trị quyền sử dụng đất phải nộp cho Nhà nước. Áp dụng suất đầu tư không đúng đối với công trình hạ tầng kỹ thuật có quy mô nhỏ hơn 20 ha với bảng giá tiêu chuẩn ban hành kèm theo quyết định của UBND TP Hồ Chí Minh là 590.000 đồng/m2, giảm 202.000 đồng/m2…
Từ đó Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ Tài chính kiểm tra, có biện pháp để xử lý theo quy định pháp luật, nếu phát hiện dấu hiệu hình sự gây thiệt hại tài sản Nhà nước thì chuyển hồ sơ, tài liệu đến cơ quan thẩm quyền để xử lý theo quy định.
Với dự án Trung tâm dịch vụ - văn phòng - khách sạn cao cấp - căn hộ cho thuê tại số 3A- 3B Tôn Đức Thắng do Công ty TNHH MTV đầu tư du lịch và vận tải biển Phương Nam làm chủ đầu tư, tổng diện tích đất xây dựng 11.975 m2 cũng vậy.
Từ đề nghị của Sở Tài chính, UBND TP Hồ Chí Minh đã ban hành quyết định duyệt giá trị quyền sử dụng đất với tổng diện tích 20.442m2, trong đó diện tích đất phù họp quy hoạch là 11.975m2 với số tiền hơn 1,4 nghìn tỷ đồng. Thanh tra Chính phủ cho rằng, dự án tại khu đất có nguồn gốc Nhà nước này có vốn đầu tư rất lớn, ngoài tiền sử dụng đất, tổng diện tích sàn xây dựng 230.737m2 với chiều cao 44 tầng, gồm cả hầm.
Nhưng dự án đã được giao cho doanh nghiệp chưa đáp ứng điều kiện về năng lực tài chính theo quy định để triển khai dự án, nên sau đó doanh nghiệp đã được cơ quan chủ quản cho phép góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng khu đất tại địa chỉ 3A- 3B Tôn Đức Thắng để thành lập pháp nhân mới là Công ty CP kinh doanh địa ốc Phương Nam 3A-2. Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND thành phố xử lý theo thẩm quyền các nội dung như kết quả thanh tra đã phát hiện.
Dự án chung cư thương mại số 38 đường Kim Biên và 88 đường Gò Công, quận 5 do Công ty CP Phát triển địa ốc Sài Gòn 5 làm chủ đầu tư với tổng diện tích đất là 1.827m2. Thanh tra Chính phủ cũng xác định khu đất này có nguồn gốc tài sản Nhà nước, do 2 doanh nghiệp Nhà nước quản lý, sử dụng.
Tháng 9/2016, UBND thành phố quyết định chấp thuận cho chuyển mục đích sử dụng đất và giao cho Công ty CP phát triển địa ốc Sài Gòn 5 làm chủ đầu tư dự án hợp khối 2 vị trí nhà đất trên để đầu tư xây dựng chung cư theo quy hoạch nhưng không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất là vi phạm quy định của Luật Đất đai và Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Ngoài những dự án trên, Thanh tra Chính phủ cũng chỉ rõ, dự án Trung tâm Liên hợp gia cư - thương mại An Đông 2 tại số 18 An Dương Vương, quận 5 do Công ty CP đầu tư Vạn Thịnh Phát làm chủ đầu tư với diện tích đất là 6.077m2, trước đây cũng do Công ty xây dựng - thương mại Sài Gòn 5 làm chủ đầu tư được khởi công xây dựng từ năm 1993. Từ năm 1998 đến năm 2002, do thiếu nguồn vốn đầu tư, công trình đã phải tạm ngừng thi công.
Do đó, Công ty XDTM Sài Gòn 5 đã kêu gọi đầu tư và trình UBND thành phố cho phép Công ty TNHH Vạn Thịnh Phát tham gia dự án theo phương thức ứng trước vốn để bao tiêu toàn bộ sản phẩm của dự án. Ngày 18/5/2003, Công ty XDTM Sài Gòn 5 có văn bản trình UBND thành phố xin phép được chuyển nhượng dự án đầu tư thay thế phương thức hợp đồng đầu tư bao tiêu sản phẩm ban đầu. Đồng thời đề xuất phương án giải quyết việc xử lý thu hồi nợ của Ngân hàng TMCP Việt Hoa. Ngày 10/6/2003, UBND thành phố có quyết định cho phép Công ty XDTM Sài Gòn 5 chuyển nhượng dự án này cho Công ty TNHH Vạn Thịnh Phát.
Qua thanh tra đã phát hiện một số khuyết điểm, vi phạm, nguy cơ gây thất thu ngân sách Nhà nước. Vì vậy, cơ quan chức năng của thành phố cần rà soát, xác định và thu hồi tài sản cho ngân sách.
Sai phạm trong 14 gói thầu mua sắm thiết bị ở Đồng Tháp 
