Ngoài ra hồ Dầu Tiếng đóng góp rất lớn trong việc cắt giảm lũ, đẩy mặn cho vùng hạ du sông Sài Gòn. Tuy nhiên, với lượng nước khổng lồ, hồ Dầu Tiếng cũng được thiết kế có công suất xả tràn lớn nhất lên đến 2.800m3/s. Trong khi hướng tải nước duy nhất khi xả tràn của hồ Dầu Tiếng là sông Sài Gòn, khả năng thoát nước của tuyến sông này ở khu vực thượng nguồn không đáp ứng.
Theo Công ty Dầu Tiếng - Phước Hòa, trong vài chục năm vận hành, hồ Dầu Tiếng mới chỉ có 3 lần phải xả tràn với quy mô dưới 1/4 lượng nước so với thiết kế. Trong đó năm 1986 xả tràn với lưu lượng 538 m3/s, năm 2000 là 600 m3/s và năm 2008 là 400m3/s. Dù vậy, theo thông tin từ các địa phương như TP Hồ Chí Minh, Bình Dương, các đợt xả lũ này đã làm ngập khá nhiều nơi.
Công ty Dầu Tiếng - Phước Hòa cũng đã xây dựng, tính toán các kịch bản xả tràn của mình. Trong đó, chỉ cần hồ Dầu Tiếng xả tràn ở mức 2.000m3/s, một phần diện tích rất lớn của 4 địa phương là tỉnh Tây Ninh, Bình Dương, Long An và TP Hồ Chí Minh sẽ ngập sâu trong nước.
Dù hồ Dầu Tiếng chỉ có tuyến tải lũ duy nhất là sông Sài gòn, nhưng theo kết quả nghiên cứu của Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam, sức tải lũ của sông Sài Gòn đoạn ngay sau chân đập ra đến cầu Bến Củi, cách đập hồ Dầu Tiếng 8km do mặt cắt sông hẹp, nông nên khả năng tải lũ chỉ khoảng 200 m3/s. Từ đó xuống đến đến Bến Súc, ranh giới gữa TP Hồ Chí Minh và tỉnh Tây Ninh, khả năng tải lũ của sông cũng chỉ khoảng 500 m3/s. Sông Sài Gòn từ hồ Dầu Tiếng đến ngã ba Đèn Đỏ, về chế độ thủy văn có thể chia làm 3 đoạn, đoạn sông ảnh hưởng lũ có chiều dài khoảng 65km kéo dài từ chân đập đến Bến Đình. Đoạn từ ngã ba Vàm Thuật, cách đập Dầu Tiếng khoảng 110km ra cửa sông chịu ảnh hưởng mạnh mẽ từ thủy triều biển Đông. Đoạn từ Bến Đình đến ngã ba sông Vàm Thuật dài khoảng 45 km còn chịu ảnh hưởng bởi cả triều và lũ. Hoạt động xả lũ của hồ Dầu Tiếng tác động tới tình trạng gia tăng mực nước trên sông Sài Gòn. Vì vậy, khi xảy ra trận lũ ứng với tần suất thiết kế, thì ngập lụt nghiêm trọng ở hạ du là không tránh khỏi.
Từ thực tế trên, để hạn chế rủi ro do xả lũ và sự cố của hồ Dầu Tiếng cũng như hỗ trợ cho các cấp chính quyền, cơ quan quản lý ứng phó với các tình huống khẩn cấp xảy ra, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã và đang xây dựng phương án và kế hoạch ứng phó khẩn cấp cho vùng hạ du sông Sài Gòn. Để hạn chế ngập lụt do lũ các khu vực ven sông Sài Gòn phía thượng lưu thuộc địa bàn TP Hồ Chí Minh và tỉnh Bình Dương đều đã và đang xây dựng các tuyến đê ven sông. Khu vực trung tâm TP Hồ Chí Minh cũng đã và đang xây dựng các công trình ngăn triều chống ngập.
Tuy vậy, theo Công ty Dầu tiếng - Phước Hòa, để giải quyết căn cơ bài toán xả lũ hồ Dầu Tiếng đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình và cho hạ du cần xem xét tổng thể các nhóm giải pháp công trình và phi công trình. Trong đó, công ty đề xuất một số giải pháp về công trình như đầu tư bổ sung tràn sự cố cho hồ Dầu Tiếng để đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình quan trọng cấp đặc biệt này. Cần có dự án, chương trình, kế hoạch nạo vét sông Sài Gòn đoạn từ cầu Sài Gòn đến càu Bến Súc nhằm tăng cường năng lực thoát lũ cho hồ Dầu Tiếng, đảm bảo an toàn cho công trình đầu mối và vùng hạ du sông Sài Gòn. Ngoài ra, để đảm bảo vận hành công trình theo nhiệm vụ thiết kế là công trình cấp đặc biệt và theo Quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Đồng Nai, rất cần thiết phải có giải pháp nâng cấp chiều cao cả đập chính và phụ nhằm đảm bảo thực hiện nhiệm vụ điều tiết lũ an toàn cho công trình và hạ du.
Ông Nguyễn Đức Vũ, Chi cục trưởng Chi cục Thủy lợi - Chánh Văn phòng Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai - Tìm kiếm cứu nạn TP Hồ Chí Minh thừa nhận, từ khi có các công trình hồ thủy điện Trị An và hồ thủy lợi Dầu Tiếng ở thượng nguồn, TP Hồ Chí Minh chịu ảnh hưởng nặng từ việc điều tiết mực nước ở các hồ chứa này. Nhất là với hồ Dầu Tiếng trong việc xả lũ vào các tháng cao điểm mùa mưa. Để ứng phó với ngập lụt do mưa, lũ, triều cường đang diễn biến ngày càng bất thường gây ra, cách đây 14 năm, Quy hoạch thủy lợi chống ngập úng khu vực TP Hồ Chí Minh đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt (Quy hoạch 1547) nhưng phải mất 8 năm sau khi Quy hoạch 1547 chính thức đi vào cuộc sống, Dự án giải quyết ngập do triều khu vực TP Hồ Chí Minh có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu - giai đoạn 1 (Dự án ngăn triều) mới được khởi công.
Đây là một trong những dự án trọng điểm của TP Hồ Chí Minh khi phạm vi ảnh hưởng của dự án cho cả khu vực có diện tích 570 km2 bờ hữu sông Sài Gòn và khu vực trung tâm thành phố, nơi đang có khoảng 6,5 triệu dân sinh sống. Để thực hiện mục tiêu giảm ngập, dự án được triển khai trên địa bàn các quận 1, 4, 7, 8, huyện Nhà Bè và Bình Chánh với 6 cống ngăn triều lớn, rộng từ 40 - 160m là cống Tân Thuận, Bến Nghé, Phú Xuân, Mương Chuối, Cây Khô và Phú Định cùng 2 cống vừa và 12 cống nhỏ. Cùng lúc, tuyến đê kè ven sông Sài Gòn từ Vàm Thuật đến Sông Kinh dài 7,8 km cũng sẽ được xây dựng. Khi dự án đi vào hoạt động, các van cống sẽ được điều khiển bằng hệ thống SCADA tự động đóng khi thủy triều dâng cao để ngăn triều tràn vào các tuyến kênh rạch chính gây ngập úng cho khu vực kiểm soát. Ngược lại, khi thủy triều trên sông rút, cống sẽ mở ra để hạ thấp mực nước trong các tuyến kênh. Căn cứ vào tình hình dự báo thời tiết, mực nước kênh sẽ được xả cạn sau đó nắp van cống sẽ đóng lại để biến các tuyến kênh thành nơi tạm trữ nước mưa trước các trận mưa lớn. Dự án cũng xây dựng các trạm bơm tại công suất lớn, cống Bến Nghé công suất trạm bơm 12 m3/giây, cống Tân Thuận công suất 48 m3/giây và trạm bơm tại cống Phú Định công suất 36 m3/giây nên trường hợp mưa lớn xảy ra trong lúc triểu cường dâng cao, các van cống đang phải đóng, những máy bơm này sẽ hoạt động để bơm nước mưa từ trong kênh ra sông. Đồng thời hoạt động của các cống ngăn triều không ảnh hưởng đến giai thông thủy bởi tàu thuyền được đảm bảo qua lại bình thường khi cửa cống mở và qua âu thuyền khi cửa cống đóng.
Chính vì vậy, khi dự án chống ngập này được khởi công xây dựng, hàng triệu người dân thành phố đã háo hức chờ đợi. Đến nay, dự án chống ngập quy mô lớn này đã kéo dài sang năm thứ 7, nhưng chưa cơ quan nào dám chắc thời điểm sẽ hoàn thành. Trong khi đó, hệ thống đê bao ngăn triều của Thành phố hầu như đã xuống cấp hoặc chưa được làm. Hệ thống kênh rạch với khoảng 2.953 tuyến, tổng chiều dài khoảng 4.371km, trong đó có nhiều tuyến kênh chính cũng hầu như chưa được nạo vét, xây dựng công trình để kiểm soát triều.
Cần giải pháp chống ngập cho TP Thủ Đức 
