Đề thi của các môn Địa lí và Lịch sử tiếp tục nhận được sự đánh giá tích cực của thí sinh và dư luận xã hội nói chung: nội dung đề thi nằm trong chương trình THPT, chủ yếu là lớp 12, bám sát chuẩn kiến thức, kỹ năng, phù hợp với nội dung học tập và ôn luyện, đảm bảo vừa sức, kiểm tra được kiến thức cơ bản và có khả năng phân hóa trình độ của thí sinh. Đề thi của cả hai môn thi đều không có sai sót và được đánh giá là có khả năng phân loại năng lực, trình độ người học.
Trong cả hai buổi thi, không có hiện tượng tung tin thất thiệt và không có ý kiến thắc mắc gì về đề thi. Cũng theo Bộ GD & ĐT, tỷ lệ thí sinh đến dự thi tiếp tục ổn định ở mức cao (99,24%;), GD THPT đạt tỷ lệ 99,86% (ngày thi thứ nhất đạt 99,87%) và GDTX đạt tỷ lệ 98,61% (ngày thi thứ nhất đạt 98,60%).
Tỷ lệ thí sinh không đến dự thi vẫn tiếp tục ở mức thấp, tương đương ngày thi thứ nhất (0,76%), trong đó chỉ có 5 thí sinh không được dự thi do đến chậm quá 15 phút sau thời điểm tính giờ làm bài. Công tác coi thi tiếp tục được tổ chức nghiêm túc. Cả nước chỉ có 1 thí sinh GD THPT bị đình chỉ thi (giảm 2 trường hợp so với ngày thi thứ nhất) và 5 thí sinh GDTX bị đình chỉ thi, giảm 5 trường hợp so với ngày thi thứ nhất (10 trường hợp).
Phó Giám đốc Sở GD&ĐT Hà Nội Nguyễn Hiệp Thống cho biết, 2 ngày thi tốt nghiệp THPT 2012 đều an toàn, nghiêm túc, không có sự cố nào xảy ra, thí sinh đến dự thi môn Địa lý sáng ngày 3/6 là 70.902 đạt 99,71% và ở môn Lịch Sử là 70.834 TS đến thi (đạt 99,71%). Chỉ có duy nhất 1 thí sinh trường THPT Hữu Nghị bị tai nạn giao thông phải bỏ thi. Sở GD&ĐT Hà Nội đã cử 15 đoàn thanh tra lưu động đi kiểm tra tình hình tổ chức thi tại các HĐCT