Theo kết luận điều tra: Ngày 16/12/2009, ông Nguyễn Danh Sơn, Giám đốc Công ty Tư vấn hàng hải có công văn đề nghị cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an xem xét xử lý đối với Bạch Việt Phương, đã lợi dụng nhiệm vụ được giao, giả mạo chữ ký, rút tiền của Công ty trong tài khoản mở tại Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn - Phòng Giao dịch Kim Liên - Chi nhánh Bách khoa và Ngân hàng thương mại cổ phần Hàng hải - Chi nhánh Hà Nội, chiếm đoạt nhiều tỷ đồng sử dụng cá nhân rồi bỏ trốn...
Ngày 12/5, theo tin từ cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an: Cơ quan này đã hoàn tất kết luận điều tra vụ án lừa đảo chiếm đoạt tài sản xảy ra tại Công ty Tư vấn hàng hải thuộc Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam; đồng thời đề nghị Viện KSND Tối cao truy tố bị can Bạch Việt Phương, trú tại tổ 17, phường Mai Dịch, quận Cầu Giấy, nguyên Kế toán trưởng Công ty Tư vấn hàng hải về tội danh trên.
Qua điều tra, đến chiều 27/12/2009, cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã bắt được Bạch Việt Phương đang lẩn trốn tại miền
Tại cơ quan điều tra, Phương khai: Từ tháng 6/2003, được bổ nhiệm làm kế toán trưởng đã lợi dụng sơ hở của công ty. Từ tháng 3/2009 đến 14/12/2009, đã giả mạo chữ ký ông Lê Anh Sơn, nguyên Giám đốc và ông Nguyễn Danh Sơn, Giám đốc công ty này trên 14 tờ séc và 2 ủy nhiệm chi đã 16 lần đến các ngân hàng nêu trên rút tiền.
Ngày 14/12/2009 là lần cuối cùng Phương rút 150 triệu đồng. Như vậy tổng số tiền Phương đã chiếm đoạt trót lọt là 3,295 tỷ đồng. Trong số tiền 3,295 tỷ đồng, có hơn 500 triệu đồng tiêu xài cá nhân, hơn 1 tỷ đồng thua lỗ mua bán cổ phiếu và 1,5 tỷ đồng dùng vào cá độ bóng đá... Quá trình điều tra, gia đình Phương đã nộp 210 triệu đồng.
Trong vụ án này còn hành vi liên quan đến việc cá độ bóng đá của Phương, cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an chưa có điều kiện làm rõ. Do vậy ngày 13/4/2010, Vụ 1 Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đã có công văn đề nghị cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an tách, chuyển hồ sơ tài liệu liên quan đến hành vi cá độ bóng đá sang Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội (C14) Bộ Công an tiếp nhận, giải quyết theo thẩm quyền ở một vụ án sau