Theo nội dung vụ việc, ngày 27/11/2009, TCT TCHQ ban hành Quyết định hành chính số 2349/QĐ-TCHQ có nội dung “Ấn định thuế đối với lô hàng xe ôtô (95 xe) chở tiền nhập khẩu (theo các tờ khai hải quan làm thủ tục tại các Chi cục HQ thuộc Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh) của Công ty cổ phần Cơ khí (CPCK) ngân hàng, số tiền ấn định phải nộp là 7,451 tỷ đồng (bao gồm thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế GTGT). Lý do là công ty này chưa nộp thuế tiêu thụ đặc biệt cho các xe ôtô chở tiền làm thủ tục nhập khẩu giai đoạn từ 1/1/2004 đến 31/3/2009. Gần một tháng sau, TCT TCHQ ban hành Quyết định 2690: bãi bỏ quyết định trên và ấn định lại số tiền thuế lần này phải nộp là 7,365 tỷ đồng.
Không đồng ý với quyết định trên, Công ty CPCK ngân hàng đã làm đơn khiếu nại lên TCT TCHQ nhưng bị bác nên sau đó đã nộp đơn khởi kiện ra tòa án, yêu cầu hủy bỏ quyết định ấn định thuế của TCT TCHQ.
Xử sơ thẩm trước đó, TAND TP Hồ Chí Minh đã bác đơn khởi kiện của nguyên đơn vì cho rằng quyết định ấn định thuế của TCT TCHQ nêu trên là có căn cứ phù hợp với thực tế, đúng quy định của pháp luật nên khởi kiện của Công ty CPCK ngân hàng là không có cơ sở. Không bằng lòng với phán quyết trên, Công ty CPCK ngân hàng tiếp tục kháng cáo lên cấp phúc thẩm