Sau thời gian thanh tra, Đoàn kiểm tra của Bộ GD&ĐT đã kiểm tra tại trường 571 hồ sơ sinh viên liên thông từ trình độ cao đẳng lên trình độ đại học năm 2012, phát hiện có 141 thí sinh chưa đúng đối tượng đào tạo liên thông.
Trường còn tuyển sinh liên thông từ trình độ cao đẳng lên đại học vượt chỉ tiêu được giao, cụ thể: Năm 2012, số trúng tuyển nhập học liên thông từ trình độ cao đẳng lên trình độ đại học chính quy là 571/400 chỉ tiêu liên thông (vượt 42,7%). Thanh tra Bộ buộc Trường ĐH Tài chính Ngân hàng Hà Nội hoàn trả cho các sinh viên trường đã tuyển không đúng đối tượng đào tạo liên thông từ trình độ cao đẳng lên trình độ đại học chính quy năm 2012 số tiền đã thu và chịu mọi chi phí tổ chức hoàn trả do hành vi vi phạm về đối tượng đào tạo liên thông gây ra