Có thể kể đến như: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Y tế, Tài nguyên và Môi trường, Tổng cục Thống kê…cùng với việc thực hiện còn chồng chéo, không ổn định; phương pháp thu thập thông tin cũng khác nhau, không thống nhất về khái niệm, định nghĩa, các chỉ số thu thập, phương pháp thu thập, phương pháp tổng hợp đánh giá… dẫn đến kết quả chưa đáp ứng được việc theo dõi, quản lý thống nhất trên toàn quốc. Vì vậy, Trung tâm Quốc gia nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn đã xây dựng bộ chỉ số theo dõi để đánh giá đúng kết quả thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia này.
Sau thời gian xây dựng, thử nghiệm Bộ chỉ số tại 28 huyện thuộc 14 tỉnh trên cả nước, Bộ chỉ số (gồm 14 chỉ số) đã được Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành và Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn tổ chức thực hiện. Sau hơn 2 năm triển khai thực hiện bộ chỉ số theo dõi – đánh giá tại 63 tỉnh, thành trên cả nước, các địa phương đã cơ bản thành lập được hệ thống theo dõi – đánh giá đến cấp xã, thôn, bản, ấp. Các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo của Trung ương và Ủy ban nhân dân các tỉnh sâu sát, kịp thời, thuận tiện cho quá trình thực hiện. Các số liệu được thu thập, tổng hợp và báo cáo theo đúng quy định đã phản ánh tương đối đầy đủ hiện trạng tình hình cấp nước và vệ sinh môi trường nông thôn.
Ông Vũ Văn Thặng - Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy lợi, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn khẳng định: Bộ chỉ số theo dõi - đánh giá nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn không chỉ phản ánh đầy đủ hiện trạng tình hình thực hiện chương trình mà còn là cơ sở quan trọng để xây dựng và triển khai thực hiện C hương trình mục tiêu Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn giai đoạn 2011 - 2015. Tuy nhiên, trong quá trình triển khai thực hiện vẫn còn nhiều khó khăn, vướng mắc như: trình độ cán bộ cấp cơ sở hạn chế và không đồng đều, trang thiết bị phục vụ công tác theo dõi – đánh giá còn thiếu, giao thông tại các tỉnh miền núi khó khăn, địa bàn rộng, dân số đông…
Bên cạnh đó, cán bộ điều tra cũng như người dân chưa hiểu hết mục đích, ý nghĩa của hoạt động nên khó khăn trong công tác xét nghiệm hiện trạng về cấp nước và nhà tiêu tại hộ gia đình. Đáng chú ý, một số tỉnh phê duyệt kinh phí, triển khai thực hiện muộn. ó những tỉnh kinh phí bố trí không đủ, nguồn kinh phí hỗ trợ cho cán bộ thực hiện thấp đã gây không ít khó khăn cho quá trình triển khai thực hiện chương trình.
Để công tác theo dõi – đánh giá hiệu quả hơn trong quá trình triển khai thực hiện Chương trình quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn giai đoạn 3, ông Nguyễn Thành Luân – Phó Giám đốc Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn đã đề nghị Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tăng cường chỉ đạo các tỉnh thực hiện và báo cáo theo đúng quy định. Đồng thời, kêu gọi các nhà tài trợ tiếp tục hỗ trợ nguồn kinh phí cũng như hướng dẫn các tỉnh phân bổ kinh phí phù hợp về thời gian và yêu cầu. Bên cạnh đó, tiếp tục rà soát, hoàn thiện và nâng cấp các công cụ hỗ trợ để chương trình đạt hiệu quả cao nhất.
Ông Nguyễn Thành Luân cũng cho biết, Trung tâm đã đề nghị các tỉnh chỉ đạo các ngành tăng cường sự phối hợp, tiếp tục củng cố xây dựng mạng lưới cán bộ ổn định, lâu dài; tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, rà soát các số liệu chênh lệch bất hợp lý. Sử dụng kết quả của bộ chỉ số còn cho việc lập kế hoạch, xây dựng chính sách ở các cấp... để công tác theo dõi – đánh giá Chương trình Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn đạt được hiệu quả cao.
Ông Nguyễn Thành Luân nhấn mạnh, trong thời gian tới cần tiếp tục hoàn thiện bộ chỉ số đánh giá, nâng cao năng lực đối với các tỉnh năng lực còn hạn chế, hoàn thiện cơ chế chính sách về tài chính để thực hiện nhiệm vụ theo dõi đánh giá, rà soát và xây dựng văn bản quy phạm pháp luật và các tiêu chuẩn, quy chuẩn để nâng cao năng lực quản lý và kiểm soát chất lượng nước sinh hoạt nông thôn.
Đặc biệt, cần thiết lập và nâng cấp cơ sở vật chất, hệ thống phòng kiểm nghiệm, xét nghiệm chất lượng nước sinh hoạt, lồng ghép cơ sở dữ liệu chất lượng nước sinh hoạt nông thôn vào trong hệ thống thông tin theo dõi đánh giá nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn… để hoàn thành mục tiêu Chương trình Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn giai đoạn 3 này
