Từ tháng 3/2013, Cục đã đưa mặt hàng sữa dành cho trẻ em dưới 6 tuổi vào Danh mục quản lí rủi ro về giá cấp Cục từ tháng 3/2013. Bên cạnh đó, đơn vị luôn tăng cường công tác kiểm tra, tham vấn, xác định giá tính thuế mặt hàng sữa nhập khẩu theo quy định tại Thông tư 205/2010/TT-BTC ngày 15/10/2010 của Bộ Tài chính.
Trong tổng số gần 6 tỉ đồng tiền thuế do Cục Hải quan TP.HCM điều chỉnh tăng sau tham vấn giá phần nhiều là thuế nhập khẩu điều chỉnh từ các mặt hàng sữa bột của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài nhập khẩu