Viện Tài nguyên và Môi trường biển Việt Nam và Viện Nghiên cứu Phát triển - IRD (Cộng hòa Pháp) từng xác định vùng cửa sông Bạch Đằng thuộc huyện Thủy Nguyên, TP Hải Phòng là môi trường sống tốt nhất cho 262 loài nhuyễn thể, bao gồm 93 chi, 6 lớp tảo; riêng động vật phù du có tới 77 loài, 44 giống, 34 họ và 5 ngành, cùng 9 nhóm khác là ấu trùng tôm, cá, thân mềm...
Các khảo sát điều tra cũng cho thấy thiên nhiên đã ban tặng cho vùng sông nước này những nguồn lợi thủy sản ít đâu có, trữ lượng hằng năm của vùng triều cửa sông Bạch Đằng rất lớn với 4,5 tấn tu hài, 2.000 tấn sò huyết, 3.000 tấn sò lông, 5.000 tấn ngao. Thủy triều lên đưa các loại nhuyễn thể non vào vùng triều. Các bãi triều từ vùng giáp giới thuộc thị xã Quảng Yên (Quảng Ninh) đến Đồ Sơn là nơi tập trung sinh sống của ngao, sò với trữ lượng rất lớn; vẹm xanh, vẹm nâu gặp ở Hòn Dấu, Đồ Sơn, Cát Bà.
Riêng các loài ốc thì cực kỳ đa dạng và phong phú về số lượng loài: ốc mỡ Cát Bà vỏ mịn và dẹt, không có hoa văn; ốc mỡ Đồ Sơn vỏ tròn, hoa văn chấm xanh, xám, nâu, hồng sặc sỡ; ốc đỏ môi; ốc mút dạ, ốc mút giấy, ốc mút đá, ốc ngọc, ốc gai,…
Trong điều kiện môi trường và khai thác bình thường thì với trữ lượng thủy sinh, nhuyễn thể đủ để tự cân bằng ổn định trong tương lai rất xa. Tuy nhiên, từ nhiều năm nay, việc phát triển ồ ạt công nghiệp nhất là công nghiệp đóng tàu cùng sự gia tăng dân số gắn với hoạt động nhân sinh ở cả trên đất liền và tại chỗ đã tác động tiêu cực nghiêm trọng lên môi trường và hệ sinh thái vùng cửa sông Bạch Đằng. Đáng lo ngại hơn khi ngày càng nhiều hành vi xâm hại môi trường có nguồn gốc từ sự thiếu ý thức.
Trong khi đó, các cơ quan chức năng, chính quyền địa phương vừa thiếu trách nhiệm vừa mất khả năng kiểm soát, xử lý. Đây chính là nguyên nhân phức hợp đẩy nhanh quá trình suy thoái các hệ sinh thái ven bờ, đặc biệt là rừng ngập mặn, thảm cỏ biển, và các rạn san hô.
Kết quả quan trắc dưới sự hỗ trợ của Viện Nghiên cứu Phát triển- IRD (biện pháp khoa học và chính xác nhất từ trước tới nay) cho thấy có quá nhiều chỉ số ô nhiễm rất đáng lo ngại. mật độ thủy sinh, phù du rất ít do hàm lượng chất ô nhiễm vùng cửa sông Bạch Đằng vượt ngưỡng cho phép. Hàm lượng nitrite trung bình toàn vùng vượt giới hạn cho phép, hàm lượng amoni xấp xỉ giới hạn cho phép, hàm lượng silicate vượt giới hạn cho phép đối với nước nuôi trồng thủy sản. Vùng cửa sông Bạch Đằng là nơi phát tán chất ô nhiễm từ lục địa ra ngoài biển, ngược lại có thể mang chất ô nhiễm từ biển trở lại vùng cửa sông.
Trở lại với kết quả nghiên cứu chung, phân tích các mẫu kiểm tra, các nhà nghiên cứu rất dễ dàng nhận ra nguyên nhân ô nhiễm là do chất thải công nghiệp, chất thải đô thị, các khu dân cư và những hoạt động ngay trên biển gây ra. Sự phát triển công nghiệp thiếu quy hoạch hệ thống cơ sở hạ tầng thoát nước, thu gom, xử lý chất thải rắn và vệ sinh môi trường là điều luôn được nhắc, được biết đến nhưng chưa hề có sự tác động thay đổi, kể cả những quy hoạch, đầu tư về sau.
Vùng cửa sông suy yếu vì ô nhiễm chắc chắn còn có nhiều hệ lụy tiếp theo đến tận vùng cửa biển. Tiếc thay, dùng "nước xa cứu lửa gần" hoặc ngược lại nhằm làm hệ sinh thái giảm phần tổn thương cho đến giờ vẫn là chuyện quá xa vời. Nghiên cứu dù công phu đến mấy rồi cũng chẳng để làm gì cả, mặc cho cửa sông, cửa biển đang "chết" dần mòn
