TP yêu cầu, hằng quý, Sở KH-ĐT có trách nhiệm xây dựng kế hoạch và phối hợp với Công an TP, Cục Thuế và cơ quan chuyên ngành tiến hành kiểm tra, thanh tra các doanh nghiệp đăng ký hoạt động trong các lĩnh vực đặc biệt có thể ảnh hưởng đến trật tự an ninh xã hội. Phối hợp với cơ quan chuyên ngành tổ chức kiểm tra các doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật do công luận phản ánh hoặc theo chỉ đạo của UBND TP.
Cục Thuế Hà Nội có trách nhiệm xử lý các vi phạm về thuế theo thẩm quyền và thông báo cho cơ quan đăng ký kinh doanh danh sách doanh nghiệp vi phạm Luật Doanh nghiệp; danh sách doanh nghiệp bị thu hồi mã số thuế hoặc không có nơi đăng ký trụ sở chính để phối hợp xử lý vi phạm. Định kỳ 6 tháng, tổng hợp, báo cáo UBND TP, thông báo cho Công an TP và Sở KH-ĐT Hà Nội danh sách doanh nghiệp không tiến hành hoạt động kinh doanh trong thời hạn một năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, ngừng hoạt động một năm liên tục hoặc đã giải thể mà vẫn kinh doanh, hoạt động không đúng nội dung đăng ký kinh doanh, không đúng địa chỉ trụ sở đã đăng ký