Điều này đã làm cho mực nước dưới đất hạ xuống rất sâu tại một số vị trí như Mai Dịch (26m), Hạ Đình (34m).
Nước ngầm ở Hà Nội còn bị nhiễm bẩn amoni ở khu vực phía Nam thành phố, nơi có các bãi giếng Hạ Đình, Pháp Vân hoạt động. Nguyên nhân chính là do quá trình đô thị hóa. Thêm vào đó, việc khai thác quá mức khiến mực nước hạ xuống sâu. Lượng chất thải tăng lên cũng là nguyên nhân khiến chất lượng nguồn nước ngầm suy giảm