Theo kết luận của Sở Y tế tỉnh Hà Giang thì nguyên nhân là do bếp ăn tập thể của các trường học trên, về cơ sở hạ tầng, dụng cụ nấu nướng, chế biến, sử dụng, bảo quản thực phẩm đều chưa đảm bảo theo tiêu chuẩn quy định. Bên cạnh đó, khâu chế biến thực phẩm cũng chưa đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm nên khi học sinh ăn phải thực phẩm có nhiễm vi khuẩn tụ cầu S.Aureus đã bị ngộ độc.
Trước đó, như Báo CAND đã đưa tin, ngày 20/9 sau bữa ăn trưa ở Trường tiểu học Cốc Pài, 18 em học sinh có biểu hiện đau bụng, buồn nôn, chóng mặt… Tiếp đó, sau bữa ăn chiều, 29 học sinh của Trường THCS xã Tả Nhìu cũng có những biểu hiện ngộ độc thực phẩm như trên. Ngay sau khi sự việc xảy ra, các học sinh trên đã được đưa đến Bệnh viện Đa khoa huyện Xín Mần cấp cứu và đến chiều 22/9, tất cả các bệnh nhân đã được xuất viện