Theo Thông tư này, Bộ Công thương cấp giấy phép nhập khẩu tự động cho thương nhân dưới hình thức xác nhận đơn đăng ký nhập khẩu cho mỗi lô hàng. Giấy phép nhập khẩu tự động có giá trị thực hiện trong vòng 30 ngày kể từ ngày Bộ Công thương xác nhận. Cơ quan cấp Giấy phép nhập khẩu tự động là Phòng Quản lý xuất nhập khẩu Khu vực TP Hà Nội và Phòng Quản lý xuất nhập khẩu Khu vực TP Hồ Chí Minh.
Bộ Công thương yêu cầu người đề nghị cấp Giấy phép nhập khẩu tự động phải đăng ký hồ sơ thương nhân với Cơ quan cấp Giấy phép khi đề nghị cấp Giấy phép nhập khẩu tự động lần đầu tiên và chỉ được xem xét cấp Giấy phép nhập khẩu tự động khi đã đăng ký hồ sơ thương nhân.
Khi làm thủ tục nhập khẩu, thương nhân phải nộp cho cơ quan Hải quan Giấy phép nhập khẩu tự động đã được Bộ Công thương xác nhận hoặc xuất trình kèm theo phiếu trừ lùi (trường hợp hàng hóa nhập khẩu được xác nhận theo thời gian) cùng với bộ hồ sơ nhập khẩu theo quy định hiện hành và phải tuân thủ các quy định hiện hành về cửa khẩu thông quan hàng hoá, chính sách mặt hàng nhập khẩu, hàng hóa quản lý chuyên ngành và hàng hoá kinh doanh có điều kiện