Theo Bộ GD&ĐT, việc sửa đổi, bổ sung quy chế tổ chức Cuộc thi nghiên cứu khoa học trong trường phổ thông tập trung vào ba nội dung chính: Cách thức lựa chọn dự án; tổ chức cuộc thi và tổ chức ở cấp đơn vị dự thi.
Thông tư mới quy định các đơn vị dự thi phải tổ chức cuộc thi nội bộ để lựa chọn dự án dự thi. Việc này giúp các dự án khi được lựa chọn tham dự cấp quốc gia không bị bỡ ngỡ và tuân thủ liêm chính khoa học cũng như đạo đức nghề nghiệp.
Việc lựa chọn và đăng ký dự án dự thi phải đảm bảo liêm chính khoa học và đạo đức nghề nghiệp, đồng thời các dự án được chọn cử dự thi cấp quốc gia phải công bố công khai để có sự giám sát xã hội, đảm bảo tính trung thực trong nghiên cứu.
Cùng với đó, Thông tư cũng bổ sung trách nhiệm với người hướng dẫn: “Người hướng dẫn nghiên cứu chịu trách nhiệm về liêm chính khoa học và đạo đức nghề nghiệp trong nghiên cứu khoa học; bảo đảm yêu cầu đối với dự án dự thi theo các quy định tại Quy chế này”.
Thông tư cũng sửa đổi, bổ sung một số nội dung khác nhằm hoàn thiện công tác tổ chức Cuộc thi, hướng tới công khai, minh bạch và công bằng, đồng thời đẩy mạnh việc nghiên cứu khoa học và kỹ thuật trở thành hoạt động thường xuyên trong trường phổ thông, thúc đẩy dạy và học theo định hướng STEM. Điều chỉnh cách tính số lượng dự án dự thi hướng đến sự công bằng.
Theo thông tư mới, số lượng dự án được tham dự cấp quốc gia sẽ tính dựa trên tỷ lệ dự án được dự thi cấp Sở GD&ĐT so với tổng số dự án dự thi toàn quốc, nhằm tạo sự công bằng. Các Sở GD&ĐT có quy mô lớn và phong trào nghiên cứu khoa học mạnh sẽ được cử số lượng dự án dự thi cấp quốc gia tương xứng, tránh tình trạng “cào bằng” và khuyến khích phát triển phong trào. Những Sở GD&ĐT có phong trào chưa sâu rộng nếu muốn tăng số dự án dự thi cấp quốc gia sẽ phải đầu tư, thúc đẩy phong trào nghiên cứu để có thêm đại diện.
Các đơn vị dự thi quy mô nhỏ được cử tối đa 3 dự án dự thi cấp quốc gia. Đơn vị quy mô lớn hơn, tùy tỷ lệ dự án tham dự cấp đơn vị, sẽ được đăng ký tối đa: 6 dự án nếu tỷ lệ >1% đến ≤5%; 9 dự án nếu tỷ lệ >5% đến ≤10%; 12 dự án nếu tỷ lệ >10%. Đối với các đơn vị dự thi là trường phổ thông trực thuộc Bộ và cơ quan ngang Bộ, đại học, trường đại học, viện, học viện, mỗi đơn vị được đăng ký tối đa 3 dự án, tăng 1 dự án so với quy định trước đây.
Trao giải cuộc thi khoa học kỹ thuật cấp quốc gia học sinh trung học 
Khai mạc cuộc thi khoa học kỹ thuật cấp quốc gia học sinh trung học 
