Hệ thống thông quan tự động gọi tắt là hệ thống VNACCS/VCIS được phát triển trên cơ sở sử dụng công nghệ của hệ thống thông quan tự động NACCS/CIS đang được áp dụng rất thành công tại Nhật Bản. Hệ thống VNACCS/VCIS là cuộc cải cách tiếp theo của ngành Hải quan. nhằm nâng cao chất lượng, hiệu quả của thủ tục hải quan điện tử, qua đó mang lại lợi ích cho cộng đồng DN giảm thiểu các rắc rối do thủ tục thông quan “thủ công” như hiện nay. Việc đưa hệ thống thông quan tự động vào triển khai cũng dựa vào nguồn vốn từ dự án ODA do Chính phủ Nhật Bản tài trợ cho Chính phủ Việt Nam.
Theo báo cáo của Cục Hải quan thành phố Hà Nội, tính đến thời điểm hiện tại, đã có gần 8.000 doanh nghiệp tham gia thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại Cục Hải quan thành phố Hà Nội, gần 40.000 doanh nghiệp tham gia thực hiện thủ tục hải quan điện tử trong toàn ngành. Tuy nhiên, do mới triển khai nên hệ thống nhiều khi bị nghẽn, bị lỗi. Nếu không hoàn thiện các thủ tục và đồng bộ hóa hệ thống các thiết bị kỹ thuật có liên quan, hệ thống VNACCS/VCIS rất có thể cũng mắc phải những sự cố này.
Bà Đoàn Thị Yến, Phó Tổng giám đốc Toyota Việt Nam cho rằng, hệ thống VNACCS/VCIS sẽ giúp cho việc kê khai hải quan qua mạng của các doanh nghiệp thuận lợi hơn. Tuy nhiên bà cũng lo ngại: “Việc sử dụng phần mềm VNACCS/VCIS cũng có hạn chế. Với mỗi lô hàng chúng tôi hiện có 1.000 dòng hàng nếu cứ chia ra 50 dòng hàng một tờ khai thì số lượng tờ khai của chúng tôi sẽ tăng từ 1- 3 tờ khai với một lô hàng, như vậy số lượng tờ khai sẽ tăng từ 20-60 một dòng hàng kéo theo thủ tục thanh toán sẽ bị kéo dài. Vì vậy, chúng tôi mong muốn các đơn vị xây dựng, tư vấn, quản lý nhà nước sẽ có giải pháp giải quyết khó khăn và hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện”.
Trao đổi với PV Báo CAND, ông Nguyễn Văn Trường, Cục trưởng Cục Hải quan TP Hà Nội cho biết, thời gian tiếp theo sẽ tiếp tục hoàn thiện thủ tục kê khai hải quan điện tử, chữ ký số và cố gắng trong thời gian chạy thử hệ thống VNACCS/VCIS sẽ tìm và giải quyết các sự cố, vướng mắc trước khi đưa vào vận hành chính thức. Bên cạnh đó, trước sự việc lọt 600 bánh heroin qua sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất, Cục Hải quan Hà Nội đã tăng cường công tác kiểm tra giám sát và quản lý rủi ro tại cửa khẩu sân bay quốc tế Nội Bài. Tăng cường thu thập thông tin, dữ liệu về hoạt động của doanh nghiệp trên địa bàn. Các chi cục có quyền chuyển luồng hàng hóa ngay khi thấy lô hàng có dấu hiệu nghi vấn, vi phạm, cán bộ hải quan không nên ỷ lại vào việc phân luồng của hệ thống. Phát hiện có dấu hiệu bất thường thì phải chuyển luồng từ luồng xanh sang vàng và thậm chí phải chuyển sang luồng đỏ để kiểm tra trực tiếp
