Tuy vậy, những năm gần đây hoạt động của các chợ đầu mối trên đang bị sức ép rất lớn từ các hộ kinh doanh “ăn theo” xung quanh. Cạnh tranh từ các hộ kinh doanh ngoài chợ đã khiến việc kinh doanh của tiểu thương trong các chợ đầu mối gặp nhiều khó khăn, việc kinh doanh dần phải rời xa mục tiêu ban đầu là bán sỉ và chỉ hoạt động về đêm. Vai trò chủ lực của các chợ đầu mối ngày càng mờ nhạt.
Tại chợ nông sản Thủ Đức, dù lượng người tập trung về khu vực chợ ngày càng gia tăng, nhưng ngược lại lượng hàng hóa lưu chuyển qua chợ đã giảm rất mạnh. Dọc các tuyến đường chính, đường hẻm của các khu dân cư xung quanh chợ nông sản Thủ Đức thuộc địa bàn 3 phường là Tam Bình, Bình Chiều và Hiệp Bình Phước, số lượng vựa kinh doanh nông sản đã được người dân mở ra nhiều không kém số vựa, sạp trong chợ. Vựa nông sản được người dân mở ra ngay tại nhà ở riêng lẻ trong khu dân cư, các khu đất trống xung quanh chợ và cả những hộ dân có nhà, đất nằm gần chợ. Ngay mặt tiền quốc lộ 1A đoạn phía trước chợ nông sản Thủ Đức, dù lượng xe container, xe tải lớn ra vào rất đông, nhưng hàng chục vựa trái cây, nông sản từ lâu đã hình thành dưới những cái chòi lụp xụp. Người dân đến mua bán, lên xuống hàng hóa là nghiễm nhiên dừng xe chiếm làn đường dành cho xe máy lưu thông.
Ông Sáu, một người kinh doanh trong chợ trả lời chúng tôi bằng một loạt câu hỏi: Vẫn biết rằng kinh doanh là quyền của người dân, nhưng chính quyền cấp phép kinh doanh cho các hộ dân ngay trong khu dân cư sát chợ liệu có ổn? Càng bất hợp lý hơn khi cho phép mở vựa là xe container, xe tải lớn, nhỏ phải ra vào để vận chuyển hàng hóa ảnh hưởng đến an toàn giao thông, vệ sinh môi trường và PCCC… nhưng họ vẫn được cấp đăng ký kinh doanh?
Ông Nguyễn Xuân Hoàng, Phó Chủ tịch UBND phường Tam Bình cho hay, việc quản lý kinh doanh, quản lý về an toàn thực phẩm, vệ sinh môi trường và trật tự lòng đường vỉa hè là hết sức khó khăn. UBND phường đã ra quân liên tục và xử phạt rất nặng, nhưng do nhiều hộ kinh doanh sẵn sàng nộp phạt để tồn tại. Một điều gây khó cho địa phương là hiện nay quy trình cấp giấy phép hộ kinh doanh, cấp giấy đăng ký doanh nghiệp gần như không qua phường, địa phương chỉ có thể kiểm tra, xử phạt tự công tác hậu kiểm. Những vấn đề này đã được phường kiến nghị TP Thủ Đức, nhưng phải thông qua HĐND TP Thủ Đức quyết định. UBND phường cũng đã báo cáo với TP Thủ Đức kiến nghị Sở Công Thương và UBND TP Thủ Đức xem xét lại việc quy hoạch ngành hàng để đảm bảo lưu lượng người, phương tiện đến chợ và bán đúng đối tượng.
Sau khi trực tiếp đi giám sát, ngày 22/8 vừa qua Ban Văn hóa - Xã hội HĐND thành phố đã kiến nghị UBND TP Hồ Chí Minh chỉ đạo UBND TP Thủ Đức, UBND quận 8, UBND huyện Bình Chánh và Hốc Môn có giải pháp hiệu quả để giải quyết tình trạng buôn bán tự phát, trái phép xung quanh các chợ đầu mối. Cùng lúc UBND thành phố cần chỉ đạo các sở, ngành tham mưu giải pháp đồng bộ để tháo gỡ vướng mắc cho chính quyền cơ sở trong xử lý chợ tự phát...
Những ý tưởng độc đáo cho chợ dân sinh của Hà Nội 
