Bộ yêu cầu Vụ Tổ chức các bộ giám sát, đôn đốc việc thực hiện các kiến nghị trong Kết luận thanh tra về các nội dung liên quan đến công tác tổ chức, cán bộ của Trường; hướng dẫn Hiệu trưởng, các Phó Hiệu trưởng tiến hành kiểm điểm trách nhiệm liên quan đến những thiếu sót, sai phạm thuộc 4 nhóm vấn đề đã nêu trong Kết luận thanh tra và đề xuất phương án xử lý kỷ luật theo đúng quy định pháp luật (hoàn thành trong tháng 2/2013); Chủ trì, phối hợp với Vụ KHTC tham mưu tổng kết mô hình các trường trực thuộc được giao tự chủ theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP ngày 24/5/2006 của Chính Phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập.
Vụ Kế hoạch tài chính tổ chức rút kinh nghiệm, đề xuất đổi mới công tác quyết toán hàng năm đối với các đơn vị trực thuộc và cơ chế kiểm tra, kiểm soát hoạt động thu - chi tài chính của các đơn vị theo hướng thiết thực, hiệu quả đảm bảo tốt chức năng quản lý Nhà nước của cơ quan quản lý cấp trên trực tiếp…