Theo kết quả khảo sát của VCCI về các thủ tục hành chính thuế và hải quan, có 4 vấn đề được DN “kêu” nhiều nhất là: Thủ tục hoàn thuế, ưu đãi và miễn trừ thuế; quy định mới trong văn bản pháp luật và tính đồng bộ với các văn bản pháp quy mang tính chuyên ngành khác; tiếp nhận và trả lời vướng mắc cho DN từ phía các đơn vị có liên quan của ngành thuế; hạch toán các khoản chi không rõ nhưng lại bị phạt về thuế. Tương tự, trong lĩnh vực Hải quan, mối quan hệ giữa hải quan và DN cũng đang tồn tại một số vấn đề bất cập. Đó là sự thiếu đồng bộ trong thông tin của ngành về quá trình hoàn thiện lệ phí tờ khai, nhiều DN đã thực hiện đóng lệ phí đầy đủ nhưng thông tin không hiện lên trên hệ thống nên DN vẫn bị coi là nợ thuế, dẫn đến các hệ lụy tiếp theo là không được hoàn thuế.
Giữa các cơ quan hải quan địa phương, kho bạc nhà nước và các ngân hàng thương mại chưa có sự phối hợp đồng bộ trong việc chuyển tiền, nhận tiền và cung cấp thông tin DN đã nộp thuế gây ảnh hưởng đến thời gian nhận hàng không kịp thời đáp ứng tiến độ sản xuất, kinh doanh. Đặc biệt, vấn đề áp dụng thông quan tự động được các DN khẳng định là chủ trương đúng, đảm bảo nhanh gọn và tiết kiệm cho DN song, hiện có quá nhiều vấn đề phát sinh từ chính hệ thống mới này cần được cơ quan hải quan nghiên cứu, giải đáp thỏa đáng và có thay đổi phù hợp đảm bảo tiếp cận với hải quan hiện đại và yêu cầu cải cách, giảm chi phí hồ sơ và thời gian cho DN.
Bà Phạm Thị Loan, Tập đoàn Việt Á đưa ra 4 kiến nghị cụ thể. Theo bà Loan, thứ nhất, không hình sự hóa hoạt động xuất nhập khẩu của DN, nhất là hoạt động sau thông quan khiến DN sợ hãi. Thứ 2, cần xem xét lại quy trình và chất lượng giải quyết khiếu nại cho DN bởi trên thực tế có những vướng mắc kéo dài 1-2 năm, DN nhiều lần gửi đơn kiến nghị nhưng không được cơ quan Hải quan giải quyết thấu đáo. Thứ 3, nhiều văn bản pháp quy ban hành trong lĩnh vực thuế, hải quan chưa đúng luật khi mà có nhiều văn bản gửi cho DN hướng dẫn theo kiểu nội bộ, hướng dẫn không thống nhất, tạo nhiều cách hiểu khác nhau, DN thực hiện mỗi nơi một kiểu, gây ra tình trạng bất bình đẳng. Thứ 4, cần xem lại biểu thuế theo hướng điều chỉnh và thay đổi triệt để bởi biểu thuế hiện nay giống như ma trận khi mà cùng một mặt hàng nhưng thuế nguyên liệu 15-20% trong khi thuế thành phẩm chỉ 5-10%, tạo kẻ hở cho gian lận thương mại.
Trước những kiến nghị, đề xuất của DN, Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn khẳng định: Việc lắng nghe và đối thoại trực tiếp với cộng đồng DN cũng chính là cách để Bộ Tài chính xem xét lại chính sách và quy trình thủ tục cho DN. Qua đó, giúp cộng đồng DN có cách tiếp cận gần gũi hơn và giải tỏa được các khó khăn vướng mắc kịp thời, tạo lòng tin và sát cánh cùng các cơ quan Nhà nước trong việc hoàn thành các nghĩa vụ và thủ tục. Đồng thời, Thứ trưởng cũng yêu cầu DN gửi trực tiếp các kiến nghị, ý kiến phản ánh của mình lên website của ngành thuế, hải quan, trên cơ sở đó Bộ sẽ yêu cầu các cơ quan này giải quyết triệt để nhằm giải quyết thỏa đáng, đảm bảo công bằng, minh bạch
