Trước đó, ngày 19/4, sau khi kiểm tra việc xả thải của Công ty cổ phần Đường Quảng Ngãi, đoàn kiểm tra liên ngành về công tác bảo vệ môi trường do Sở Tài nguyên và Môi trường thành lập đã yêu cầu Công ty cổ phần Đường Quảng Ngãi phải tháo gỡ ngay các đường ống ngầm xả thải ra sông Trà Khúc. Tuy nhiên, công ty này vẫn không tháo dỡ.
Đến ngày 4/5, nghĩa là sau khi xảy ra tình trạng thuỷ sản chết hàng loạt trên sông Trà Khúc, Công ty cổ phần Đường Quảng Ngãi mới đưa ra kế hoạch tháo dỡ các ống ngầm xả thải.
Sau khi kiểm tra thực tế, tình hình xả thải của công ty, phía Công ty cổ phần Đường Quảng Ngãi thừa nhận nước thải từ hồ chứa bị bục lỗ thủng và chảy ra sông Trà Khúc với số lượng 1.000m3, đồng thời cũng có 2.000m3 nước thải từ việc súc rửa các thiết bị máy móc của Nhà máy Cồn - Rượu Quảng Ngãi chảy ra sông. Tuy nhiên, Cảnh sát môi trường tỉnh Quảng Ngãi cho rằng, khối lượng nước thải không đúng như Công ty cổ phần Đường Quảng Ngãi khai nhận mà nhiều hơn gấp nhiều lần.
Sở Tài nguyên và Môi trường và Công an tỉnh Quảng Ngãi tiếp tục điều tra làm rõ vụ việc